PDB-8sfw: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with q...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sfw

タイトル

Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with quercetin

要素

UDP-glycosyltransferase 202A2

キーワード

TRANSFERASE / glycosylation / xenobiotic detoxification / flavonoids

機能・相同性

: / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / nucleotide binding / membrane / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 202A2

機能・相同性情報

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with quercetin
著者: Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sfw.cif.gz	225.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sfw.ent.gz	140 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.884, 109.420, 165.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 202A2 分子量: 48950.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107367435, UGT202A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KUK4
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン分子量: 302.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Quercetin dissolved in ETOH and let it evaporate on plate. Protein incubated with UDP. 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 10446 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 434 / CC_1/2: 0.886 / CC star: 0.969 / R_pim(I) all: 0.258 / R_rim(I) all: 0.629 / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
SERGUI		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→38.916 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 41.496 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.435 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	491	4.725 %
R_work	0.2073	9900	-
all	0.21	-	-
obs	-	10391	92.111 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.584 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.171 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.694 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.477 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3187	0	47	28	3262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.641	4522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	1.563	7080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.135	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.815	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.028	10	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.489	10	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.141	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.079	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.655	4.978	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.654	4.978	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.102	8.962	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.1	8.962	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.626	5.311	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.624	5.314	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.945	9.622	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.917	9.62	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.693	49.881	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.691	49.912	3575

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.75-2.821	0.368	26	0.389	637	0.389	821	0.837	0.872	80.7552	0.34
2.821-2.898	0.454	35	0.365	626	0.37	783	0.823	0.889	84.4189	0.319
2.898-2.981	0.4	32	0.303	668	0.307	780	0.871	0.928	89.7436	0.263
2.981-3.073	0.279	34	0.289	675	0.289	744	0.951	0.933	95.2957	0.23
3.073-3.173	0.295	39	0.249	677	0.252	726	0.943	0.953	98.6226	0.204
3.173-3.283	0.279	39	0.237	677	0.239	723	0.938	0.958	99.0318	0.199
3.283-3.406	0.269	40	0.202	617	0.206	662	0.942	0.973	99.2447	0.178
3.406-3.544	0.31	25	0.201	628	0.205	672	0.953	0.972	97.1726	0.18
3.544-3.701	0.247	23	0.179	584	0.181	637	0.958	0.982	95.2904	0.159
3.701-3.879	0.218	24	0.163	553	0.165	600	0.974	0.983	96.1667	0.15
3.879-4.087	0.168	25	0.16	509	0.16	578	0.984	0.983	92.3875	0.148
4.087-4.332	0.194	22	0.151	477	0.153	550	0.974	0.985	90.7273	0.141
4.332-4.627	0.184	23	0.153	461	0.155	533	0.98	0.984	90.8068	0.145
4.627-4.992	0.242	23	0.158	418	0.162	486	0.961	0.984	90.7407	0.158
4.992-5.459	0.207	13	0.184	398	0.185	445	0.968	0.98	92.3596	0.178
5.459-6.089	0.296	18	0.206	368	0.211	413	0.956	0.971	93.4625	0.201
6.089-7.002	0.34	20	0.213	318	0.218	364	0.919	0.97	92.8571	0.211
7.002-8.507	0.291	15	0.209	267	0.213	329	0.955	0.97	85.7143	0.212
8.507-11.753	0.307	5	0.2	205	0.203	265	0.893	0.973	79.2453	0.213
11.753-38.916	0.233	10	0.27	136	0.268	161	0.974	0.946	90.6832	0.304

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9871	-1.1755	0.0668	1.0619	-0.3109	3.9019	0.0701	-0.0336	0.0282	-0.2925	0.0137	0.0103	-0.0741	-0.1008	-0.0838	0.342	-0.0062	0.0191	0.0519	0.0291	0.044	15.637	6.5	17.224
2	1.2754	0.5621	0.7654	1.364	0.9637	2.858	0.1415	-0.2169	-0.0546	0.1197	-0.0542	-0.1095	0.527	0.1044	-0.0874	0.4979	0.0331	0.0223	0.1617	0.0476	0.0285	18.501	-6.143	28.962
3	0.7196	0.2641	0.3137	0.857	0.7654	2.9994	0.0868	-0.0765	-0.1145	-0.0658	-0.0965	0.0548	0.5345	-0.3032	0.0097	0.6076	-0.0842	0.0063	0.0502	0.0158	0.0457	8.179	-15.779	10.974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	11 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	90 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	260 - 437

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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