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Yorodumi- PDB-8sfw: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with q... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sfw | ||||||
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Title | Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with quercetin | ||||||
Components | UDP-glycosyltransferase 202A2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / glycosylation / xenobiotic detoxification / flavonoids | ||||||
Function / homology | UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / nucleotide binding / membrane / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 202A2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Tetranychus urticae (two-spotted spider mite) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with quercetin Authors: Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sfw.cif.gz | 225.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sfw.ent.gz | 140 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sfw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8sfw_validation.pdf.gz | 992.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8sfw_full_validation.pdf.gz | 996.4 KB | Display | |
Data in XML | 8sfw_validation.xml.gz | 16.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8sfw_validation.cif.gz | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48950.504 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tetranychus urticae (two-spotted spider mite) Gene: 107367435, UGT202A2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: T1KUK4 |
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#2: Chemical | ChemComp-UDP / |
#3: Chemical | ChemComp-QUE / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Quercetin dissolved in ETOH and let it evaporate on plate. Protein incubated with UDP. 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→40 Å / Num. obs: 10446 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Redundancy: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 434 / CC1/2: 0.886 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.258 / Rrim(I) all: 0.629 / % possible all: 79.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75→38.916 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 41.496 / SU ML: 0.359 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.435 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.584 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→38.916 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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