PDB-8sf4: Cystathionine gamma lyase from Thermobifida fusca in internal ald...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sf4

タイトル

Cystathionine gamma lyase from Thermobifida fusca in internal aldimine form

要素

Cystathionine gamma-lyase

キーワード

LYASE / PLP / internal aldimine / holoenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-lyase / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.455 Å

データ登録者

Perkins, L.J. / Buller, A.R. / Bindman, C.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Multiplexed deconvolution of enzyme function in a PLP-dependent protein family
著者: Zmich, A.P. / Perkins, L.J. / Bingman, C.A. / Buller, A.R.

履歴

登録	2023年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sf4.cif.gz	160.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sf4.ent.gz	119.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

42.1 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
169 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.591, 117.591, 117.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	195
Space group name H-M	P23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-87- ARG
2	1	A-770- HOH

#1: タンパク質	Cystathionine gamma-lyase 分子量: 41779.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 遺伝子: Tfu_0440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47ST9, cystathionine gamma-lyase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Well solution comprising 20-30% PEG300, 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2. 2 uL drops were laid with a 1:1 mixture of well solution and 8 mg/mL protein in 0.1 M HEPES buffer pH 7.0 PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.455→40.003 Å / Num. obs: 94728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 25.36
反射シェル	解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 21.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 6964 / CC_1/2: 0.748 / R_rim(I) all: 1.697 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.455→40.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.499 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1481	4687	4.948 %
R_work	0.133	90041	-
all	0.134	-	-
obs	-	94728	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.455→40.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2835	0	24	389	3248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.248	1.64	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.679	1.581	6529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.581	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.09	20.897	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.996	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.121	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.282	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.223	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	1.281	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.943	1.281	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.324	1.924	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.325	1.925	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.994	1.532	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.959	1.532	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.832	2.199	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.842	2.203	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.077	17.486	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.916	16.532	3349

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.455-1.493	0.234	356	0.231	6609	0.231	6965	0.898	0.887	100	0.207
1.493-1.534	0.205	356	0.185	6383	0.186	6739	0.926	0.928	100	0.159
1.534-1.578	0.185	324	0.168	6264	0.169	6589	0.941	0.944	99.9848	0.138
1.578-1.627	0.174	343	0.152	6038	0.153	6381	0.955	0.955	100	0.124
1.627-1.68	0.169	296	0.14	5966	0.141	6262	0.958	0.966	100	0.111
1.68-1.739	0.161	313	0.134	5681	0.136	5994	0.964	0.971	100	0.105
1.739-1.804	0.144	263	0.125	5533	0.126	5796	0.973	0.976	100	0.098
1.804-1.878	0.145	295	0.128	5289	0.129	5584	0.972	0.974	100	0.103
1.878-1.961	0.161	219	0.118	5140	0.12	5359	0.971	0.98	100	0.096
1.961-2.057	0.14	231	0.125	4889	0.125	5120	0.977	0.979	100	0.105
2.057-2.167	0.155	237	0.123	4652	0.125	4889	0.974	0.978	100	0.107
2.167-2.298	0.143	239	0.121	4382	0.122	4621	0.976	0.98	100	0.107
2.298-2.457	0.132	186	0.116	4183	0.116	4369	0.981	0.981	100	0.105
2.457-2.653	0.131	206	0.116	3853	0.117	4059	0.978	0.98	100	0.109
2.653-2.905	0.135	189	0.123	3562	0.123	3751	0.977	0.979	100	0.121
2.905-3.245	0.164	187	0.138	3246	0.139	3433	0.971	0.976	100	0.14
3.245-3.743	0.139	158	0.136	2842	0.136	3000	0.979	0.981	100	0.146
3.743-4.574	0.121	117	0.115	2472	0.115	2589	0.985	0.985	100	0.132
4.574-6.427	0.154	107	0.148	1919	0.148	2026	0.98	0.98	100	0.173
6.427-40.003	0.147	65	0.171	1138	0.17	1204	0.981	0.974	99.9169	0.212

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.01	0.5508	3.257	12.2733	0.7846	10.6032	0.1	-0.2097	-0.0089	0.0851	-0.0371	0.5711	0.395	-0.6782	-0.0629	0.1281	-0.011	0.0457	0.0856	0.0157	0.0769	-13.4365	-24.2779	-52.2422
2	2.309	-3.5785	0.566	10.4858	-0.4552	3.9932	0.0375	0.0705	0.0062	-0.0487	-0.0363	0.1757	-0.0554	-0.1712	-0.0012	0.0492	-0.0189	0.0147	0.0728	0.005	0.0128	-14.0866	-16.1895	-54.3904
3	0.0081	-0.0583	-0.096	2.3777	1.5699	1.6215	-0.0074	0.0232	-0.0025	0.0352	-0.0973	0.2353	0.0037	-0.2621	0.1047	0.0342	-0.0004	0.0084	0.0737	0.0039	0.0357	-16.6609	2.2353	-54.5598
4	0.334	0.1158	0.1289	0.9655	-0.2671	0.9607	-0.0285	-0.0616	-0.002	0.0806	0.0301	0.1285	-0.0002	-0.1198	-0.0016	0.0247	0.0093	0.0174	0.0424	0.0049	0.0209	-9.2323	-5.7659	-41.1018
5	0.6642	-0.5094	-0.4574	2.0207	0.5034	0.9899	-0.0533	-0.1404	-0.0233	0.1689	0.0584	-0.0933	0.0312	0.0864	-0.0051	0.0853	0.0327	-0.0235	0.0889	0.0175	0.0247	5.0828	-13.6181	-24.7044
6	0.3975	-0.0889	-0.1131	0.8825	-0.0923	0.7488	-0.0358	-0.1046	-0.067	0.1261	0.0285	0.0491	0.0836	-0.0219	0.0073	0.0573	0.0069	0.0129	0.0451	0.0186	0.0131	-3.3838	-17.7035	-33.7481
7	0.304	0.0879	-0.0847	4.1217	4.5274	5.085	-0.0147	-0.0164	-0.0037	-0.0197	0.0645	-0.0477	-0.0137	0.0934	-0.0498	0.0083	0.0044	0.0013	0.0366	0.0072	0.0023	-3.5942	-5.0474	-50.1053
8	3.385	-1.0229	0.9006	1.4613	-0.51	1.55	-0.0093	-0.1088	-0.2811	0.0217	0.0469	-0.1103	0.2465	0.181	-0.0377	0.104	0.034	0.0139	0.0528	0.0042	0.062	9.4939	-28.8113	-50.1188
9	1.4688	0.251	-0.5987	1.413	-0.3765	1.7664	-0.0451	-0.1374	-0.2004	0.0686	-0.0257	-0.2022	0.2135	0.2863	0.0707	0.105	0.0596	-0.0092	0.0793	0.0095	0.0662	14.6919	-26.9366	-43.2822
10	1.0402	0.0752	0.3755	0.937	0.5135	4.1615	0.0203	-0.109	-0.0796	0.082	0.0236	-0.1881	0.0628	0.3375	-0.0439	0.0728	0.0246	-0.0067	0.0855	0.0178	0.0742	18.1954	-22.2595	-44.4246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	3 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	9 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	17 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	43 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	91 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	133 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	231 - 246
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	247 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	A	277 - 332
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	333 - 381

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)