PDB-8se4: Structure of Full-length Human Protein Kinase C Beta 1 (PKCBI) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8se4

タイトル

Structure of Full-length Human Protein Kinase C Beta 1 (PKCBI) in the Active and Inactive Conformation

要素

Protein kinase C beta type

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / Protein Kinase C Beta / kinase / phosphorylation / PKCb / PKC / kinase signalling / PRKCB

機能・相同性

機能・相同性情報

Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / cellular response to carbohydrate stimulus / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / protein kinase C signaling / histone H3T6 kinase activity / spectrin / regulation of D-glucose transmembrane transport / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Depolymerization of the Nuclear Lamina ...Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / cellular response to carbohydrate stimulus / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / protein kinase C signaling / histone H3T6 kinase activity / spectrin / regulation of D-glucose transmembrane transport / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Depolymerization of the Nuclear Lamina / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / mitotic nuclear membrane disassembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / lipoprotein transport / nuclear androgen receptor binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / B cell activation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / presynaptic cytosol / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / calyx of Held / protein kinase C binding / VEGFR2 mediated cell proliferation / Activation of NF-kappaB in B cells / calcium channel regulator activity / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / G alpha (z) signalling events / histone binding / adaptive immune response / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Cong, A.T.Q. / Witter, T.L. / Bruinsma, E.S. / Jayaraman, S. / Hawse, J.R. / Goetz, M.P. / Schellenberg, M.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Basis of Allosteric Regulation and Pharmaceutical Targeting of Protein Kinase C b
著者: Cong, A.T.Q. / Witter, T.L. / Bruinsma, E.S. / Bhattacharya, S.S. / Jayaraman, S. / Dugan, M.B. / Paluncic, J. / Kuffel, M.J. / Farmakes, J. / Alvey, J. / Wu, X. / Fields, A.P. / Pandey, A. / ...

履歴

登録	2023年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8se4_full_validation.pdf.gz	945 KB	表示
XML形式データ	8se4_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	8se4_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
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クラスリン (Clathrin)
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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (6)
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ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (5)
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ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase)
類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
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血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
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フォトトロピン (Phototropin)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein kinase C beta type

B: Protein kinase C beta type

ヘテロ分子

155 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Protein kinase C beta type

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
77.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein kinase C beta type

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.029, 158.572, 86.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein kinase C beta type / PKC-B / PKC-beta 分子量: 77288.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCB, PKCB, PRKCB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05771, protein kinase C
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, sodium citrate / PH範囲: 7.0-8.0 / Temp details: cold room

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 55754 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.148 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.7-2.8	10.6	5533	0.477	0.804	0.633	0.983	99.8
2.8-2.91	10.9	5573	0.659	0.891	0.525	0.962	99.8	1.674
2.91-3.04	10.7	5518	0.771	0.933	0.438	0.975	99.7	1.379	1.448
3.04-3.2	10.3	5612	0.91	0.976	0.295	0.992	99.5	0.907	0.955
3.2-3.4	10.2	5520	0.959	0.989	0.179	1.013	98.6	0.547	0.577
3.4-3.66	11.2	5590	0.991	0.998	0.087	1.029	99.8	0.281	0.294
3.66-4.03	10.9	5568	0.996	0.999	0.052	1.018	99.8	0.165	0.173
4.03-4.62	10.4	5611	0.996	0.999	0.036	1.058	99.7	0.112	0.118
4.62-5.81	10.6	5561	0.997	0.999	0.028	1.091	98.9	0.089	0.093
5.81-50	10.6	5668	0.999	1	0.019	1.071	99.4	0.061	0.064

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.68→49.88 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	2479	4.45 %
R_work	0.2033	-	-
obs	0.2057	55648	97.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9657	0	27	1	9685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	13393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.245	3724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.68-2.73	0.5298	86	0.4331	1836	X-RAY DIFFRACTION	61
2.73-2.78	0.4555	141	0.4087	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.4521	141	0.3802	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.3415	140	0.3526	3010	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-2.98	0.3638	140	0.3439	3015	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.06	0.3953	140	0.3251	3006	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.15	0.3468	140	0.312	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.25	0.3507	137	0.294	2963	X-RAY DIFFRACTION	98
3.25-3.37	0.2908	137	0.2647	2973	X-RAY DIFFRACTION	99
3.37-3.51	0.3091	142	0.2345	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.67	0.2666	142	0.2237	3037	X-RAY DIFFRACTION	99
3.67-3.86	0.2814	141	0.2034	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.1	0.2341	142	0.1909	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.42	0.2084	140	0.1637	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-4.86	0.2015	142	0.1511	2977	X-RAY DIFFRACTION	98
4.86-5.56	0.2041	142	0.1584	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
5.56-7.01	0.2764	142	0.1895	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
7.01-49.88	0.2092	144	0.1541	3069	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6191	-0.1705	0.1421	1.3349	0.234	1.5066	0.2513	0.2888	-0.1244	-0.1643	-0.1404	0.0114	0.0839	0.0833	-0.15	1.0094	0.0889	-0.1177	0.8837	-0.1672	1.1927	41.0062	-68.4103	9.8026
2	6.4479	-0.3218	0.4538	2.5349	0.1293	6.9901	-0.4138	-0.8367	0.667	0.5907	0.8348	-0.7836	-0.4833	-0.0163	-0.3915	0.8186	0.1786	-0.1707	1.1123	-0.2998	1.0705	65.0756	-77.8997	18.1612
3	1.3663	2.5239	1.4628	6.4794	5.0276	3.9955	0.0502	0.0507	-0.0302	0.1408	-0.091	-0.3643	0.3801	0.3858	0.1492	0.4777	0.1086	-0.1514	0.596	-0.1028	0.8399	55.0133	-40.115	31.2179
4	5.2569	-0.8279	-0.6255	3.813	1.1715	2.6226	0.1047	0.016	0.0277	0.2946	-0.0139	-0.0709	0.239	-0.4402	-0.0764	0.4132	-0.0644	-0.0583	0.5957	0.0226	0.5526	37.0718	-26.2651	36.8284
5	7.2744	1.9726	-2.4217	3.4743	-2.1852	5.6789	0.4015	-0.4511	1.2357	-0.2693	0.4243	0.9173	0.204	-0.1612	-0.7502	0.802	-0.0848	-0.0369	0.663	0.1123	1.0579	20.2551	-71.2009	34.318
6	2.0353	-2.4553	2.7955	4.1817	-5.5017	6.4478	0.1426	0.6143	-0.4689	-0.1201	-0.2176	1.0593	0.5739	-0.4911	-0.7048	0.6229	-0.0096	-0.083	0.4889	-0.0796	0.7878	13.4349	-44.6767	8.3653
7	4.9187	1.1147	-0.8062	4.5383	-2.0971	3.4409	0.2626	0.2518	-0.1506	-0.4614	-0.1463	-0.3284	0.3308	0.5858	-0.0868	0.4398	0.0582	-0.0421	0.6686	-0.0024	0.5566	32.3643	-27.4932	-0.5576
8	1.9417	2.0976	0.0248	4.6992	-0.5673	2.1173	-0.0646	0.2245	0.0154	-0.1186	0.0407	0.0212	0.2233	-0.0619	-0.0284	0.6336	0.1208	0.0055	0.8241	-0.0045	0.8257	16.8893	-33.6771	2.2514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 177 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 178 through 287 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 288 through 380 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 381 through 671 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 287 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 288 through 380 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 381 through 600 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 601 through 671 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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