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- PDB-8sdw: Crystal structure of the non-myristoylated mutant [L8K]Arf1 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sdw
タイトルCrystal structure of the non-myristoylated mutant [L8K]Arf1 in complex with a GDP analogue
要素ADP-ribosylation factor 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTPase / G protein / GDP
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression ...mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / intracellular copper ion homeostasis / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / cellular response to virus / postsynaptic density / neuron projection / protein domain specific binding / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rosenberg Jr., E.M. / Randazzo, P.A. / Esser, L. / Xia, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)BC007365 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2024
タイトル: Point mutations in Arf1 reveal cooperative effects of the N-terminal extension and myristate for GTPase-activating protein catalytic activity.
著者: Rosenberg Jr., E.M. / Jian, X. / Soubias, O. / Jackson, R.A. / Gladu, E. / Andersen, E. / Esser, L. / Sodt, A.J. / Xia, D. / Byrd, R.A. / Randazzo, P.A.
履歴
登録2023年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2853
ポリマ－20,7381
非ポリマー5472
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.654, 55.015, 78.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 20737.764 Da / 分子数: 1 / 変異: L8K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P84077, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-G3D / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン3′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 % / 解説: Needle-like crystals
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2 M Sodium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18613 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
1.75-1.788190.9761
1.78-1.819180.9831
1.81-1.859120.9861
1.85-1.899240.9881
1.89-1.939110.9921
1.93-1.979360.9921
1.97-2.029180.991
2.02-2.079230.9931
2.07-2.149260.9941
2.14-2.29150.9951
2.2-2.289240.9951
2.28-2.389230.9961
2.38-2.489540.9971
2.48-2.619390.9971
2.61-2.789360.9961
2.78-2.999380.9961
2.99-3.299350.9971
3.29-3.779480.9971
3.77-4.759790.9971
4.75-5010350.9971

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3-4406精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→39.24 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 --
Rwork0.19 --
obs-18573 98.96 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1322 0 33 296 1651
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2323 1852
Rwork0.2151 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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