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- PDB-8sdm: HTRA-1 PDSA bound to CKP 3B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sdm
タイトルHTRA-1 PDSA bound to CKP 3B3
要素
  • Cysteine-containing peptide 3B3
  • Serine protease HTRA1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Protease / Complex / Cysteine Knot peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / molecular function activator activity / placenta development / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / molecular function activator activity / placenta development / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / : / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / PDZ domain 6 / Kazal type serine protease inhibitors / PDZ domain / Peptidase S1C / Kazal domain superfamily ...Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / PDZ domain 6 / Kazal type serine protease inhibitors / PDZ domain / Peptidase S1C / Kazal domain superfamily / Trypsin-like peptidase domain / Kazal domain / Kazal domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Ecballium elaterium (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Kirchhofer, D. / Wei, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cystine-knot peptide inhibitors of HTRA1 bind to a cryptic pocket within the active site region.
著者: Li, Y. / Wei, Y. / Ultsch, M. / Li, W. / Tang, W. / Tombling, B. / Gao, X. / Dimitrova, Y. / Gampe, C. / Fuhrmann, J. / Zhang, Y. / Hannoush, R.N. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2023年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA1
B: Serine protease HTRA1
C: Serine protease HTRA1
I: Cysteine-containing peptide 3B3
X: Cysteine-containing peptide 3B3
Y: Cysteine-containing peptide 3B3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4936
ポリマ－90,4936
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9540 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.694, 84.607, 201.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine protease HTRA1 / High-temperature requirement A serine peptidase 1 / L56 / Serine protease 11


分子量: 26060.838 Da / 分子数: 3 / 変異: S328A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA1, HTRA, PRSS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q92743, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド Cysteine-containing peptide 3B3


分子量: 4103.597 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ecballium elaterium (植物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % / 解説: Block
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 20000, 0.1M HEPES pH 7.5 / PH範囲: 7.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→77.819 Å / Num. obs: 7422 / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 69.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 3.01→3.156 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 358 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.596 / Rrim(I) all: 0.956 / % possible all: 45.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→50.45 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 380 5.12 %
Rwork0.2599 --
obs0.2616 7422 45.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→50.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4705 0 0 0 4705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7426563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.814698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.490.4529360.3979406X-RAY DIFFRACTION8
3.49-4.390.3807880.33611647X-RAY DIFFRACTION32
4.39-50.450.27042560.24174989X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53920.0189-0.22942.72191.93453.63630.22750.1380.40570.1775-0.2392-0.0177-0.3729-0.22410.00140.34120.12180.14290.40940.12510.5253-15.3096-11.6749-23.1078
21.64620.12470.08721.24440.23751.84280.24530.0375-0.3598-0.02980.0624-0.16120.31990.17230.00010.6524-0.2018-0.0130.5055-0.08050.6297-18.3996-44.4137-11.1256
30.8403-1.18970.03481.91150.56930.92550.04190.4983-0.2835-0.7508-0.4795-0.35650.0814-0.3408-0.00230.7968-0.01690.02460.9142-0.18650.5407-16.2239-38.8855-45.7301
40.3225-0.1458-0.20890.07530.15560.50420.60751.5039-0.17760.00540.2724-0.3342-1.1613-0.04530.04610.7318-0.12930.07580.6034-0.04790.75322.0506-15.6131-31.9982
50.0533-0.08650.08150.1422-0.18140.27330.03750.69250.8576-0.1579-0.0126-0.422-0.12430.7925-0.00010.3566-0.2629-0.05441.17030.06510.9652-1.5211-35.6963-6.2691
60.32730.9190.46912.57351.31370.6725-0.20010.3451-1.19441.2973-0.2104-1.28840.9501-0.7375-0.06320.7610.09420.03111.15270.11131.1466-0.1926-47.8401-36.7409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 164 through 370)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 164 through 370)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 164 through 370)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'I' and resid 4 through 36)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'X' and resid 4 through 37)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'Y' and resid 3 through 37)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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