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- PDB-8sdi: Hydrophobic Interactions Drive the Tetrameric Assembly of the TRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sdi
タイトルHydrophobic Interactions Drive the Tetrameric Assembly of the TRIM45 Coiled-Coil Domain
要素Tripartite motif-containing protein 45
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / Ubiquitination / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K48-linked ubiquitination / intercellular bridge / RING-type E3 ubiquitin transferase / bone development / negative regulation of inflammatory response / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like ...: / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM45
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lou, X.H. / Ma, B.B. / Zhuang, Y. / Li, X.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI080779 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI155488 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hydrophobic Interactions Drive the Tetrameric Assembly of the TRIM45 Coiled-Coil Domain
著者: Lou, X.H. / Ma, B.B. / Zhuang, Y. / Li, X.C.
履歴
登録2023年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 45
B: Tripartite motif-containing protein 45
C: Tripartite motif-containing protein 45
D: Tripartite motif-containing protein 45


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8704
ポリマ－37,8704
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Tetramer was determined by SEC-MALS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13480 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area17290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.850, 55.850, 347.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
Tripartite motif-containing protein 45


分子量: 9467.619 Da / 分子数: 4 / 断片: coiled coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trim45 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PFY8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M Ammonium dihydrogen phosphate, 35% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→11.985 Å / Num. obs: 14141 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Num. unique obs: 2100 / CC1/2: 0.978 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→11.985 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.326 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 655 4.634 %
Rwork0.2393 13479 -
all0.241 --
obs-14134 97.321 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 101.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.774 Å20 Å2-0 Å2
2--8.774 Å2-0 Å2
3----17.547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→11.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 0 0 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.6323441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7375322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5323.533167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.27615510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.721524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2840.21256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21776
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3050.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8399.5011282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.70714.2341597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.48210.6171275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it18.05615.411840
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.825182.65310648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7670.556310.3951007X-RAY DIFFRACTION99.0458
2.767-2.8380.438330.409929X-RAY DIFFRACTION97.8637
2.838-2.9160.465330.387884X-RAY DIFFRACTION93.3809
2.916-30.445360.363873X-RAY DIFFRACTION98.9119
3-3.0920.336420.321889X-RAY DIFFRACTION100
3.092-3.1930.454440.315821X-RAY DIFFRACTION99.7693
3.193-3.3040.281430.316839X-RAY DIFFRACTION99.8867
3.304-3.4280.337440.289751X-RAY DIFFRACTION99.7491
3.428-3.5680.421450.278764X-RAY DIFFRACTION99.2638
3.568-3.7250.27400.229717X-RAY DIFFRACTION99.2136
3.725-3.9060.196470.212672X-RAY DIFFRACTION99.1724
3.906-4.1160.26400.194644X-RAY DIFFRACTION97.8541
4.116-4.3630.209250.228601X-RAY DIFFRACTION95.2816
4.363-4.6620.323210.198609X-RAY DIFFRACTION99.6835
4.662-5.0320.166250.15540X-RAY DIFFRACTION99.8233
5.032-5.5060.27330.212497X-RAY DIFFRACTION99.6241
5.506-6.1460.401240.329454X-RAY DIFFRACTION99.7912
6.146-7.0770.238290.295393X-RAY DIFFRACTION98.1395
7.077-8.6210.193140.179319X-RAY DIFFRACTION94.3343
8.621-11.980.08560.133276X-RAY DIFFRACTION98.6014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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