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万見

- PDB-8sde: Electrostatic-Mediated Tetramerization of the Coiled-Coil Domain ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sde

タイトル

Electrostatic-Mediated Tetramerization of the Coiled-Coil Domain in TRIM29

要素

Tripartite motif-containing protein 29

キーワード

LIGASE (リガーゼ) /

E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) /

Ubiquitination (ユビキチン) /

coiled-coil (コイルドコイル)

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein localization to nucleus /

p53 binding /

リソソーム /

自然免疫系 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Lou, X.H. / Zhuang, Y. / Ma, B.B. / Li, X.C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI080779	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI155488	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Electrostatic-Mediated Tetramerization of the Coiled-Coil Domain in TRIM29
著者: Lou, X.H. / Zhuang, Y. / Ma, B.B. / Li, X.C.

履歴

登録	2023年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sde.cif.gz	49.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sde.ent.gz	33.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/8sde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/8sde	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4)

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集合体

登録構造単位

A: Tripartite motif-containing protein 29

ヘテロ分子

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tripartite motif-containing protein 29

ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 29

ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 29

ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 29

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS was used to determine the tetramer.
44.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.050, 47.630, 107.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

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要素

#1: タンパク質	Tripartite motif-containing protein 29 分子量: 10882.185 Da / 分子数: 1 / 断片: coiled coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trim29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R2Q0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.7 / 詳細: 10% glycerol, 38% MPD, and 0.1M Acetic acid pH4.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→8 Å / Num. obs: 5400 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.319 / Num. unique obs: 782 / CC_1/2: 0.985 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→7.981 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 14.274 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2751	392	7.267 %
R_work	0.2267	5002	-
all	0.23	-	-
obs	-	5394	95.757 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.024 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.301 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.596 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.897 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→7.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	744	0	12	15	771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.785	1.652	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.247	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.127	25.208	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.319	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.121	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.261	6.169	355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.953	9.224	442
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.714	7.7	402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.004	10.99	566
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.273	84.037	1070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.324	0.281	19	0.268	342	X-RAY DIFFRACTION	98.6339
2.324-2.382	0.286	19	0.245	347	X-RAY DIFFRACTION	98.1233
2.382-2.445	0.358	26	0.223	318	X-RAY DIFFRACTION	98.0057
2.445-2.513	0.298	35	0.239	321	X-RAY DIFFRACTION	99.4413
2.513-2.587	0.299	23	0.203	295	X-RAY DIFFRACTION	98.7578
2.587-2.668	0.259	23	0.191	306	X-RAY DIFFRACTION	98.503
2.668-2.757	0.155	23	0.208	294	X-RAY DIFFRACTION	98.1424
2.757-2.855	0.334	28	0.237	279	X-RAY DIFFRACTION	98.7138
2.855-2.965	0.308	26	0.265	270	X-RAY DIFFRACTION	98.9967
2.965-3.088	0.218	22	0.221	262	X-RAY DIFFRACTION	98.6111
3.088-3.229	0.267	17	0.23	251	X-RAY DIFFRACTION	98.893
3.229-3.39	0.174	18	0.216	247	X-RAY DIFFRACTION	98.1481
3.39-3.579	0.36	21	0.238	229	X-RAY DIFFRACTION	98.0392
3.579-3.803	0.211	12	0.208	221	X-RAY DIFFRACTION	98.3122
3.803-4.075	0.223	16	0.189	211	X-RAY DIFFRACTION	97.8448
4.075-4.415	0.208	13	0.192	196	X-RAY DIFFRACTION	98.5849
4.415-4.857	0.214	17	0.2	183	X-RAY DIFFRACTION	98.5222
4.857-5.466	0.28	12	0.251	158	X-RAY DIFFRACTION	97.7011
5.466-6.383	0.372	11	0.298	148	X-RAY DIFFRACTION	98.7578
6.383-7.981	0.996	11	0.3	124	X-RAY DIFFRACTION	98.5401

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.2666 Å / Origin y: -8.1262 Å / Origin z: -23.6626 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.105 Å²	0.0044 Å²	-0.0004 Å²	-	0.1679 Å²	-0.0224 Å²	-	-	0.1474 Å²
L	0.0556 °²	0.0076 °²	0.1946 °²	-	0.5027 °²	2.411 °²	-	-	12.6897 °²
S	-0.0696 Å °	0.0226 Å °	0.0001 Å °	0.0446 Å °	-0.0943 Å °	0.048 Å °	0.1093 Å °	-0.0762 Å °	0.1639 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	258 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	401 - 415
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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