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- PDB-8sdb: Crystal Structure of E.Coli Branching Enzyme in complex with malt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sdb
タイトルCrystal Structure of E.Coli Branching Enzyme in complex with malto-octose
要素1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
キーワードTRANSFERASE/CARBOHYDRATE / branching enzyme / starch / E. coli branching enzyme / SUGAR BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-CARBOHYDRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / DNA damage response / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / alpha-1,4-glucan branching enzyme GlgB, N-terminal domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme, GlgB / Glycogen branching enzyme GlgB, N-terminal Early set domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain ...: / alpha-1,4-glucan branching enzyme GlgB, N-terminal domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme, GlgB / Glycogen branching enzyme GlgB, N-terminal Early set domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bingham, C.R. / Nayebi, H. / Fawaz, R. / Geiger, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB) 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: The Structure of Maltooctaose-Bound Escherichia coli Branching Enzyme Suggests a Mechanism for Donor Chain Specificity.
著者: Fawaz, R. / Bingham, C. / Nayebi, H. / Chiou, J. / Gilbert, L. / Park, S.H. / Geiger, J.H.
履歴
登録2023年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
B: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
C: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
D: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,76120
ポリマ－285,3394
非ポリマー7,42216
水00
1
A: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3798
ポリマ－71,3351
非ポリマー3,0457
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0196
ポリマ－71,3351
非ポリマー2,6845
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8484
ポリマ－71,3351
非ポリマー1,5133
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5152
ポリマ－71,3351
非ポリマー1801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.489, 146.489, 294.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB / 1 / 4-alpha-D-glucan:1 / 4-alpha-D-glucan 6-glucosyl-transferase / Alpha-(1->4)-glucan branching ...1 / 4-alpha-D-glucan:1 / 4-alpha-D-glucan 6-glucosyl-transferase / Alpha-(1->4)-glucan branching enzyme / Glycogen branching enzyme / BE


分子量: 71334.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glgB, b3432, JW3395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07762, 1,4-alpha-glucan branching enzyme

-
糖 , 6種, 16分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3 M ammonium tartrate, pH 7.6, 10% PEG 4k

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→38.85 Å / Num. obs: 71397 / % possible obs: 96.16 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 83.31 Å2 / CC1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 12.46
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 5917 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→38.85 Å / SU ML: 0.4831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.075
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3154 3616 5.07 %
Rwork0.2138 67665 -
obs0.2189 71281 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18880 0 500 0 19380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012219991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35627168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.35192818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00793464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.90427275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.040.38441220.31032005X-RAY DIFFRACTION74.87
3.04-3.080.39431290.29232156X-RAY DIFFRACTION82.34
3.08-3.120.37961300.2932410X-RAY DIFFRACTION89.72
3.12-3.170.34721430.28672595X-RAY DIFFRACTION97.47
3.17-3.220.44171390.30672625X-RAY DIFFRACTION99.25
3.22-3.270.36931440.29812665X-RAY DIFFRACTION99.54
3.27-3.330.36461390.28112687X-RAY DIFFRACTION99.33
3.33-3.390.3711500.27362607X-RAY DIFFRACTION99.07
3.39-3.460.32031340.25392669X-RAY DIFFRACTION98.8
3.46-3.530.33181310.25882670X-RAY DIFFRACTION99.47
3.53-3.60.37681350.26922647X-RAY DIFFRACTION98.65
3.6-3.690.45051240.34372391X-RAY DIFFRACTION88.49
3.69-3.780.43871260.29852452X-RAY DIFFRACTION91
3.78-3.880.3231340.23992581X-RAY DIFFRACTION95.83
3.88-40.30651360.22912473X-RAY DIFFRACTION92.62
4-4.120.27761440.1852678X-RAY DIFFRACTION99.26
4.12-4.270.27531330.1792695X-RAY DIFFRACTION99.33
4.27-4.440.29821420.16342681X-RAY DIFFRACTION99.33
4.44-4.640.21971360.16192685X-RAY DIFFRACTION99.33
4.64-4.890.25721320.15832729X-RAY DIFFRACTION99.62
4.89-5.190.27061740.16352674X-RAY DIFFRACTION99.72
5.19-5.590.27961550.1772718X-RAY DIFFRACTION99.76
5.59-6.150.29221180.17992756X-RAY DIFFRACTION99.79
6.15-7.040.29661520.20652758X-RAY DIFFRACTION99.79
7.04-8.850.36511600.20182772X-RAY DIFFRACTION100
8.85-38.850.29411540.20182886X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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