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- PDB-8sd5: Crystal structure of HPPK from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sd5
タイトルCrystal structure of HPPK from Methanocaldococcus jannaschii
要素6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / HPPK / Methanocaldococcus jannaschii
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydromethanopterin biosynthetic process / thiamine diphosphokinase activity / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, MptE / 6-hydroxymethylpterin diphosphokinase MptE-like / 6-hydroxymethylpterin diphosphokinase MptE-like / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Shaw, G.X. / Needle, D. / Stair, N.R. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of HPPK from Methanocaldococcus jannaschii
著者: Shaw, G.X. / Needle, D. / Stair, N.R. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X.
履歴
登録2023年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
B: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
C: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
D: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7737
ポリマ－110,4854
非ポリマー2883
水1,49583
1
A: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7172
ポリマ－27,6211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7172
ポリマ－27,6211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7172
ポリマ－27,6211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6211
ポリマ－27,6211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.729, 75.744, 179.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase / HPPK / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 6-hydroxymethyl-7 / 8- ...HPPK / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin diphosphokinase / 6-HMPDK / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin diphosphokinase / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase / PPPK


分子量: 27621.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: mptE, MJ1634 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59028, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Lithium sulphate, PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月27日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 22509 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.91.80.32616010.5870.860.2450.4110.62164.1
2.9-3.0220.31118260.6280.8780.2210.3850.6672.5
3.02-3.152.20.320320.6660.8940.2050.3670.6681.3
3.15-3.322.70.24221990.8720.9650.1560.2910.6787.7
3.32-3.5330.21323380.9190.9790.1260.2490.85892.3
3.53-3.83.60.16323800.9830.9960.0890.1870.92494.6
3.8-4.184.20.10924200.9960.9990.0550.1221.00495.5
4.18-4.785.10.06525170.99810.0290.0720.99797.8
4.78-6.025.30.06425200.99810.0280.07197.7
6.02-305.80.0322676110.0140.0351.00197.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3352)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.802→29.93 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 32.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1004 4.47 %Random selection
Rwork0.2426 ---
obs0.2447 22441 88.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6905 0 15 83 7003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1239448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4692684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.802-2.94920.36451060.3192256X-RAY DIFFRACTION66
2.9492-3.13380.36841180.30992662X-RAY DIFFRACTION78
3.1338-3.37550.32811430.28363019X-RAY DIFFRACTION88
3.3755-3.71460.32071420.24623231X-RAY DIFFRACTION94
3.7146-4.25080.28071600.21933299X-RAY DIFFRACTION95
4.2508-5.35060.25761670.20433411X-RAY DIFFRACTION98
5.3506-29.930.25941680.23763559X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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