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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8scr | |||||||||
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タイトル | Bst DNA polymerase I Large Fragment wildtype D598A with 3'-amino primer, dGTP, and calcium time-resolved 4h | |||||||||
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![]() | REPLICATION/DNA / DNA Polymerase / NP-DNA / Origin of Life / Time-Resolved Crystallography / REPLICATION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fang, Z. / Lelyveld, V.S. / Szostak, J.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Trivalent rare earth metal cofactors confer rapid NP-DNA polymerase activity. 著者: Lelyveld, V.S. / Fang, Z. / Szostak, J.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 307.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8scgC ![]() 8sciC ![]() 8scjC ![]() 8sckC ![]() 8sclC ![]() 8scmC ![]() 8scnC ![]() 8scoC ![]() 8scpC ![]() 8scqC ![]() 8scsC ![]() 8sctC ![]() 8scuC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 66057.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DPO1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 3069.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 3936.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 350分子 ![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1M MES pH 5.3-6.0, 20 mM CaCl2, 5% MPD PH範囲: 5.3-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033175 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 101401 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 34.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 5214 / CC1/2: 0.922 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.188 / Rrim(I) all: 0.487 / Χ2: 0.879 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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