+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8scq | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Bst DNA polymerase I Large Fragment wildtype D598A with 3'-amino primer, dGTP, and calcium time-resolved 2h | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | REPLICATION/DNA / DNA Polymerase / NP-DNA / Origin of Life / Time-Resolved Crystallography / REPLICATION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fang, Z. / Lelyveld, V.S. / Szostak, J.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Trivalent rare earth metal cofactors confer rapid NP-DNA polymerase activity. 著者: Lelyveld, V.S. / Fang, Z. / Szostak, J.W. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 304.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 217.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8scgC ![]() 8sciC ![]() 8scjC ![]() 8sckC ![]() 8sclC ![]() 8scmC ![]() 8scnC ![]() 8scoC ![]() 8scpC ![]() 8scrC ![]() 8scsC ![]() 8sctC ![]() 8scuC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 66057.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DPO1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 3069.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 3936.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|
-非ポリマー , 5種, 264分子 ![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1M MES pH 5.3-6.0, 20 mM CaCl2, 5% MPD PH範囲: 5.3-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033175 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 78539 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 3916 / CC1/2: 0.886 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.21 / Rrim(I) all: 0.539 / Χ2: 0.823 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→46.83 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|