+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8scm | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Bst DNA polymerase I Large Fragment mutant F710Y/D598A with 3'-amino primer, dGTP, and calcium time-resolved 8h | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | REPLICATION/DNA / DNA Polymerase / NP-DNA / Origin of Life / Time-Resolved Crystallography / REPLICATION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fang, Z. / Lelyveld, V.S. / Szostak, J.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Trivalent rare earth metal cofactors confer rapid NP-DNA polymerase activity. 著者: Lelyveld, V.S. / Fang, Z. / Szostak, J.W. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 339.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 215.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8scgC ![]() 8sciC ![]() 8scjC ![]() 8sckC ![]() 8sclC ![]() 8scnC ![]() 8scoC ![]() 8scpC ![]() 8scqC ![]() 8scrC ![]() 8scsC ![]() 8sctC ![]() 8scuC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 66073.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DPO1, polA / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 3069.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 3936.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|
-非ポリマー , 5種, 227分子 ![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1M MES pH 5.3-6.0, 20 mM CaCl2, 5% MPD PH範囲: 5.3-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 67705 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 28.92 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.863 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3421 / CC1/2: 0.778 / CC star: 0.936 / Rpim(I) all: 0.266 / Rrim(I) all: 0.567 / Χ2: 0.783 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.1 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|