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- PDB-8sc0: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sc0 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (NAD bound, orthorhombic form) | |||||||||
![]() | 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
Function / homology | ![]() 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (NAD bound, orthorhombic form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 390.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 321.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27572.984 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: A2N, A3G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: EAE_13665 / Plasmid: KlaeA.01365.a.B1 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: JCSG+ D12: 0.04 M Pottasium Phosphate, 16% PEG 8K, 20% Glycerol. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. 2mM NAD added to the protein prior to crystallization. Plate: 13164, well D12 drop 2, ...Details: JCSG+ D12: 0.04 M Pottasium Phosphate, 16% PEG 8K, 20% Glycerol. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. 2mM NAD added to the protein prior to crystallization. Plate: 13164, well D12 drop 2, Puck: PSL-0615, Cryo: Direct. Subunits C and D contain NAD. Subunits A and B have interlaced alternate conformations from residues 180-196 and were refined with partial occupancies |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→91.94 Å / Num. obs: 89308 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 1145982 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.419 / Num. measured all: 82195 / Num. unique obs: 6485 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.412 / Rrim(I) all: 1.478 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.81→42.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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