PDB-8sbx: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sbx

タイトル

Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (Apo, hexagonal form)

要素

2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700059C	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (Apo, hexagonal form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sbx.cif.gz	198.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sbx.ent.gz	158.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sbx_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sbx_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	8sbx_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	8sbx_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.845, 125.845, 105.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase 分子量: 27572.984 Da / 分子数: 2 / 変異: A2N, A3G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 株: ATCC 13048 / DSM 30053 / CCUG 1429 / JCM 1235 / KCTC 2190 / NBRC 13534 / NCIMB 10102 / NCTC 10006 / CDC 819-56 遺伝子: EAE_13665 / プラスミド: KlaeA.01365.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FXS4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.0. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-077 well G9, Puck: PSL-0611, Cryo: 2.5 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→108.98 Å / Num. obs: 29313 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 29.3 / Num. measured all: 1168865
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 42.6 % / R_merge(I) obs: 2.395 / Num. measured all: 90066 / Num. unique obs: 2116 / CC_1/2: 0.873 / R_pim(I) all: 0.368 / R_rim(I) all: 2.423 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4918: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→30.15 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	1401	4.79 %
R_work	0.1916	-	-
obs	0.1941	29233	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3643	0	57	41	3741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	5109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.427	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	585
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.18	0.3783	138	0.3466	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.26	0.2734	147	0.2663	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.36	0.2839	139	0.2349	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.49	0.2897	157	0.2351	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.65	0.3223	141	0.2406	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.85	0.3237	138	0.2345	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.14	0.2751	126	0.2311	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.59	0.2386	127	0.2081	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.52	0.2106	144	0.1573	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-30.15	0.2221	144	0.162	3008	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6176	-0.3883	-0.1757	1.6646	0.3239	0.8609	0.132	-0.0766	0.3308	0.2294	-0.2566	0.2467	0.0643	-0.1677	-0	0.5513	-0.1067	0.0597	0.546	-0.1584	0.7257	-12.8279	57.5855	14.5251
2	0.875	0.2818	-0.125	0.8792	0.2102	-0.0602	0.2396	0.0305	0.4309	0.2242	-0.3219	-0.1379	0.0084	0.082	0.0001	0.6065	-0.0741	-0.0147	0.513	-0.0665	0.7119	4.0611	55.1961	10.8619
3	0.4596	0.61	0.2202	0.919	-0.1591	0.6226	0.1413	-0.1484	-0.1494	0.1715	-0.1955	0.373	0.0781	-0.2241	0.0001	0.7798	-0.1357	-0.0051	0.6132	-0.0202	0.5228	-13.5645	18.0402	16.939
4	0.0977	-0.0601	-0.2375	0.5926	0.3353	0.0222	0.319	-0.1453	0.0374	0.2499	-0.3222	0.4801	0.1295	-0.2941	0	0.6687	-0.1794	0.04	0.5928	-0.069	0.5997	-13.9912	29.6227	14.8364
5	0.5821	0.3918	-0.7027	1.411	-0.0656	0.5706	0.3556	-0.1592	0.1199	0.213	-0.2736	0.3334	0.0317	-0.1142	0.0001	0.7101	-0.1354	0.0052	0.5689	-0.084	0.5114	-8.3459	33.7473	14.7044
6	0.1395	-0.106	-0.258	0.3291	0.4101	0.531	-0.1905	-0.1267	-0.3903	0.184	0.1386	0.3351	-0.7263	-0.2266	0.0001	0.6324	-0.0123	-0.0808	0.5911	0.0462	0.6064	-14.4123	27.6646	3.8934
7	0.0701	0.0269	-0.0527	0.0108	0.0281	0.1918	-0.3673	0.01	-0.06	-0.6265	0.2209	0.4989	0.0462	-0.8611	0.0002	0.8507	-0.0107	-0.1615	1.0086	-0.099	0.8175	-23.614	35.4101	-9.4357
8	0.6352	0.6242	-0.0624	0.5111	-0.0984	0.0928	0.2832	-0.1579	0.0741	-0.1851	-0.2256	0.09	0.1908	-0.062	-0.0002	0.6601	0.0042	-0.0743	0.5618	-0.0967	0.5156	-6.5621	27.0777	-0.9798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 168 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 169 through 251 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 71 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 96 through 168 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 169 through 189 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 190 through 205 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 206 through 251 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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