PDB-8sbw: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sbw

タイトル

Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (Apo, orthorhombic form)

要素

2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700059C	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (Apo, orthorhombic form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sbw.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sbw.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sbw_validation.pdf.gz	463.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sbw_full_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示
XML形式データ	8sbw_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	8sbw_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.258, 111.331, 57.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase 分子量: 27572.984 Da / 分子数: 2 / 変異: A2N, A3G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_13665 / プラスミド: KlaeA.01365.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FXS4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-078 well A7, Puck: PSL-0604, Cryo: 2.5 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→67.26 Å / Num. obs: 44457 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 590368
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.994 / Num. measured all: 43754 / Num. unique obs: 3234 / CC_1/2: 0.773 / R_pim(I) all: 0.559 / R_rim(I) all: 2.072 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4918: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→42.88 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1958	2229	5.03 %
R_work	0.1698	-	-
obs	0.1711	44352	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3134	0	24	240	3398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	4463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.473	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	588

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.3309	156	0.2932	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.3353	143	0.2734	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.2334	137	0.2494	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.2411	130	0.211	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.2427	135	0.1915	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.05	0.2536	147	0.1804	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.12	0.2037	142	0.1773	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.2	0.1887	128	0.1621	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.31	0.2045	137	0.1553	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.43	0.2069	148	0.1508	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.58	0.1863	138	0.1493	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.1677	132	0.1598	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.06	0.2108	117	0.1748	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5	0.1875	146	0.1682	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.1458	129	0.1401	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-42.88	0.1982	164	0.1771	2789	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7918	0.4883	-0.0319	0.5448	0.2658	0.6807	0.0998	0.1026	-0.3169	-0.105	-0.0422	0.1834	0.0721	-0.2141	0.0002	0.3073	-0.0408	-0.0199	0.2872	0.0082	0.377	12.1851	-24.528	15.6911
2	0.5616	0.1376	-0.1508	1.0631	-0.2277	0.3469	0.0073	-0.0471	-0.0763	-0.0166	0.0979	0.2132	0.1029	-0.293	0	0.2683	-0.0448	-0.0166	0.2877	0.0095	0.2492	17.4641	-10.746	17.123
3	0.3105	0.2143	-0.1995	0.3678	-0.0199	0.1748	0.0345	0.1217	-0.2714	-0.1458	-0.1297	-0.3488	0.2544	0.151	-0.0002	0.3047	0.012	-0.0038	0.2676	-0.0196	0.3039	30.8704	-16.2057	10.1981
4	0.5731	-0.2515	0.42	0.3587	0.0812	0.5707	0.0574	-0.237	0.3278	0.0275	-0.1023	0.192	-0.2449	-0.2937	0.0002	0.321	0.0794	0.0129	0.3082	-0.0263	0.3653	12.7769	24.3691	14.4986
5	0.0126	-0.0075	-0.0022	0.0104	0.0036	0.0321	0.0839	-0.0333	-0.1513	-0.3999	-0.2742	0.3949	-0.0295	-0.4358	-0.0001	0.354	0.0726	-0.0122	0.5647	-0.0034	0.4808	2.6651	16.9943	5.1376
6	0.3404	-0.2036	-0.1077	0.979	0.0003	0.5125	0.0365	0.0074	0.0755	0.003	0.056	0.1674	-0.1131	-0.2724	0	0.2486	0.0183	0.005	0.3011	0.0188	0.2632	15.8295	8.6963	12.4673
7	0.1251	-0.008	-0.0676	0.0246	-0.0253	0.0726	0.0319	-0.0453	0.2149	0.0848	0.0109	-0.2121	-0.3149	-0.1951	0.0031	0.2978	0.0365	-0.0365	0.2379	-0.0346	0.2469	27.4807	13.9345	18.8071
8	0.1826	-0.0679	0.0922	0.2164	0.1417	0.203	0.0409	-0.0114	0.2576	0.0552	-0.1029	-0.2526	-0.1245	0.1106	-0	0.3191	-0.0008	0.0189	0.2498	-0.0045	0.2973	29.3619	16.3962	15.3106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 177 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 59 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 71 through 168 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 169 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 218 through 251 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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