PDB-8sbv: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sbv

タイトル

Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (ADP bound)

要素

2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700059C	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (ADP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sbv.cif.gz	179.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sbv.ent.gz	139.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sbv_validation.pdf.gz	786.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sbv_full_validation.pdf.gz	786.7 KB	表示
XML形式データ	8sbv_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	8sbv_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.520, 111.500, 58.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase 分子量: 27572.984 Da / 分子数: 2 / 変異: A2N, A3G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_13665 / プラスミド: KlaeA.01365.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FXS4

#1: タンパク質

2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase

分子量: 27572.984 Da / 分子数: 2 / 変異: A2N, A3G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: EAE_13665 / プラスミド: KlaeA.01365.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FXS4

-
非ポリマー , 5種, 298分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-078 well A7, Puck: PSL-0603, Cryo: 2.5 M lithium sulfate. 2mM NAD added prior to ...詳細: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-078 well A7, Puck: PSL-0603, Cryo: 2.5 M lithium sulfate. 2mM NAD added prior to crystallization. However, ADP modeled in replace of NAD, as NAD appears to have been hydrolysed at acidic pH (4.4). The nicotimide side clearly not visible. One subunit of the protein binds ADP

結晶

マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.98 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-078 well A7, Puck: PSL-0603, Cryo: 2.5 M lithium sulfate. 2mM NAD added prior to ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→111.5 Å / Num. obs: 64479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 21.3 / Num. measured all: 850931
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 1.565 / Num. measured all: 60272 / Num. unique obs: 4730 / CC_1/2: 0.664 / R_pim(I) all: 0.454 / R_rim(I) all: 1.631 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4918: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→58.11 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	3196	4.97 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.1631	64304	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→58.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3131	0	48	291	3470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	4465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.778	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.2856	138	0.263	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2186	124	0.2462	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.2376	137	0.2297	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.2051	133	0.2117	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2245	142	0.199	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2259	124	0.1937	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.75	0.2219	150	0.1782	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2023	127	0.1774	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1874	137	0.1731	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.1945	115	0.1658	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.93	0.1885	146	0.1904	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
1.93-1.98	0.1757	138	0.1465	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.05	0.1472	144	0.1411	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.12	0.1673	142	0.1474	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.2	0.1904	138	0.1432	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.3	0.1962	140	0.1627	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.43	0.1696	148	0.1455	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.58	0.1686	142	0.1453	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.1771	146	0.1564	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.06	0.2208	141	0.1675	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5	0.1855	143	0.1583	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.16	146	0.1382	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-58.11	0.1805	155	0.1768	2850	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.044	0.6126	0.3601	0.6997	0.0702	1.0816	0.0372	0.0754	-0.129	-0.0922	-0.0022	0.1664	0.1248	-0.2236	0.0001	0.2607	-0.0184	0.0097	0.2273	0.0174	0.2627	12.5035	-24.704	15.6221
2	0.2634	-0.2352	0.151	1.2584	-0.4996	0.9908	0.0026	-0.0306	-0.0319	-0.0141	0.0783	0.1447	0.1105	-0.1153	-0	0.1848	-0.0181	-0.008	0.217	0.0254	0.1983	16.6677	-10.2498	16.7196
3	0.735	0.3801	-0.2175	0.3649	0.0038	0.1416	-0.0005	0.1239	-0.1423	-0.0755	-0.0066	-0.1975	0.1917	0.095	-0	0.2388	0.0186	0.0051	0.2386	0.003	0.2376	30.094	-16.0832	11.7568
4	0.5296	0.0682	-0.0372	0.1662	0.297	0.6148	-0.0581	-0.0993	0.0926	0.1165	-0.1092	-0.0584	-0.3446	-0.264	-0.0616	0.2647	0.0322	-0.0046	0.1719	0.0141	0.235	17.447	25.6318	11.1635
5	0.0058	-0.0102	0.0184	0.0152	-0.0286	0.0521	-0.0107	-0.2608	0.2904	0.0055	0.0221	-0.0952	-0.0858	0.1357	0	0.28	0.0172	0.0287	0.2444	-0.0368	0.2547	17.942	26.2179	18.4518
6	1.0995	0.1253	-0.2562	0.4014	-0.0896	0.4548	0.1951	-0.2353	0.1235	0.1133	-0.2188	0.3335	-0.1945	-0.4014	-0.0046	0.3092	0.0445	-0.0063	0.3094	-0.0078	0.3121	6.0764	21.447	12.2104
7	0.3941	-0.1774	-0.0986	0.4402	0.3359	0.4767	0.0602	-0.0382	0.0413	0.2246	0.1226	0.3426	-0.185	-0.1931	0.0001	0.2089	0.0206	0.0243	0.252	0.0188	0.2314	11.8147	6.4965	19.1098
8	0.2789	0.0347	-0.2038	0.9466	0.1638	0.2379	0.0153	0.0018	0.0709	-0.0783	0.0062	0.0161	-0.0265	-0.0082	-0	0.1916	0.0077	0.0057	0.2171	0.0154	0.2055	18.7515	8.8462	9.6256
9	0.1246	0.0967	-0.0079	0.1577	-0.0795	0.0642	-0.0602	-0.0511	0.0926	0.0852	-0.1175	-0.1137	-0.1986	0.0386	-0	0.2444	0.0108	-0.0219	0.2211	-0.0064	0.2099	24.9853	14.9296	14.9606
10	0.3778	-0.2815	0.0594	0.3224	0.1534	0.3462	0.0427	-0.0889	0.1728	0.0253	-0.0427	-0.1686	-0.1477	0.1012	-0	0.224	-0.0112	0.0011	0.2262	-0.0111	0.2386	29.3885	16.4	15.4613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 169 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 18 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 19 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 73 through 107 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 108 through 168 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 169 through 217 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 218 through 251 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)