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Yorodumi- PDB-8sbv: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogen... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sbv | |||||||||
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Title | Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (ADP bound) | |||||||||
Components | 2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase from Klebsiella aerogenes (ADP bound) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sbv.cif.gz | 179.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sbv.ent.gz | 139.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sbv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8sbv_validation.pdf.gz | 786.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8sbv_full_validation.pdf.gz | 786.7 KB | Display | |
Data in XML | 8sbv_validation.xml.gz | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8sbv_validation.cif.gz | 29.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 27572.984 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A2N, A3G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) Gene: EAE_13665 / Plasmid: KlaeA.01365.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3FXS4 |
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-Non-polymers , 5 types, 298 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ADP / | #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.4 Details: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-078 well A7, Puck: PSL-0603, Cryo: 2.5 M lithium sulfate. 2mM NAD added prior to ...Details: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.4. KlaeA.01365.a.B1.PW39175 at 21.8 mg/mL. Plate: liu-S-078 well A7, Puck: PSL-0603, Cryo: 2.5 M lithium sulfate. 2mM NAD added prior to crystallization. However, ADP modeled in replace of NAD, as NAD appears to have been hydrolysed at acidic pH (4.4). The nicotimide side clearly not visible. One subunit of the protein binds ADP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→111.5 Å / Num. obs: 64479 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 21.3 / Num. measured all: 850931 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.565 / Num. measured all: 60272 / Num. unique obs: 4730 / CC1/2: 0.664 / Rpim(I) all: 0.454 / Rrim(I) all: 1.631 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55→58.11 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 18.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→58.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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