PDB-8sbq: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sbq

タイトル

FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, fluorophosphonate JB101 bound

要素

Fluorophosphonate-binding serine hydrolases E

キーワード

HYDROLASE / FphE / Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E / fluorophosphonate JB101 bound

機能・相同性

加水分解酵素 / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / membrane / : / Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus USA100-CA-126 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fellner, M.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, fluorophosphonate JB101 bound
著者: Fellner, M.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sbq.cif.gz	246.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sbq.ent.gz	197.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sbq_validation.pdf.gz	844.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sbq_full_validation.pdf.gz	860.2 KB	表示
XML形式データ	8sbq_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	8sbq_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fluorophosphonate-binding serine hydrolases E

B: Fluorophosphonate-binding serine hydrolases E

ヘテロ分子

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.936, 74.574, 73.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorophosphonate-binding serine hydrolases E 分子量: 31275.100 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal GPG from expression tag / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA100-CA-126 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SAUSA300_2518 / プラスミド: F1010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FDS6, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZUV / ethyl (R)-(10-{[(but-3-yn-1-yl)carbamoyl]oxy}decyl)phosphonofluoridate 分子量: 363.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₁FNO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20uL 25.0 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl) were mixed with 3uL fluorophosphonate molecule (10mM in DMSO) and incubated at 4C overnight. 0.2 ul 21.7 mg/ml FphE-fluorophosphonate were ...詳細: 20uL 25.0 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl) were mixed with 3uL fluorophosphonate molecule (10mM in DMSO) and incubated at 4C overnight. 0.2 ul 21.7 mg/ml FphE-fluorophosphonate were mixed with 0.2 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 180mM Magnesium chloride hexahydrate, 100mM Tris pH 8.0, 22.5% PEG 2000 MME. Crystal appeared within a day at 16C and grew until day 3. It was frozen in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir.

結晶

マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.46 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20uL 25.0 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl) were mixed with 3uL fluorophosphonate molecule (10mM in DMSO) and incubated at 4C overnight. 0.2 ul 21.7 mg/ml FphE-fluorophosphonate were ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→46.7 Å / Num. obs: 81242 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 1076479
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 1.19 / Num. measured all: 30839 / Num. unique obs: 3577 / CC_1/2: 0.643 / R_pim(I) all: 0.406 / R_rim(I) all: 1.262 / Χ²: 1.28 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless	0.7.8	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→40.09 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	4130	5.09 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1672	81176	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4386	0	49	534	4969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.914	6330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.454	653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	840

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3294	119	0.3109	2423	X-RAY DIFFRACTION	90
1.52-1.54	0.2718	160	0.2643	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.55	0.2612	157	0.2469	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2267	150	0.2236	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2623	137	0.2109	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.2127	156	0.2143	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.2225	180	0.1956	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.2352	148	0.1961	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.1938	109	0.1886	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2172	128	0.1851	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2158	145	0.1823	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2105	132	0.1799	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2125	130	0.1836	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.2272	152	0.177	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2299	151	0.1807	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.1898	141	0.1764	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.01	0.2075	137	0.1692	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.07	0.1765	107	0.1698	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.14	0.1979	146	0.166	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.21	0.2051	152	0.1686	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.3	0.205	128	0.1738	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.41	0.2001	133	0.1731	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.53	0.2135	132	0.1791	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.69	0.1904	149	0.1787	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.9	0.2234	170	0.1756	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.19	0.1811	127	0.1704	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.66	0.1805	166	0.1508	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.6	0.1367	145	0.1285	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-40.09	0.1594	143	0.1476	2745	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1121	0.2158	0.2062	0.8357	-0.0102	1.1953	0.0112	-0.0258	0.1135	-0.0099	-0.0107	0.0295	-0.0595	0.0249	0.0072	0.1105	0.0063	0.015	0.1034	-0.0024	0.1302	-3.9745	-11.0148	7.5107
2	1.0172	0.5315	0.4113	1.477	0.6165	2.5837	0.0408	0.0399	-0.1402	-0.018	-0.0641	0.007	0.2091	0.0826	0.0347	0.1617	0.0207	0.0066	0.1652	-0.0188	0.2025	-32.0751	-15.1118	-24.1972
3	1.3835	-0.1065	-0.295	1.1622	0.5023	2.291	0.0005	0.0542	0.0521	-0.0606	0.0163	-0.0903	-0.068	0.2111	-0.0161	0.1695	0.0053	-0.0081	0.165	-0.0122	0.1654	-24.7185	-6.9105	-24.6075
4	0.958	0.233	0.2987	1.335	0.4351	2.5851	0.0186	-0.1887	0.1001	0.1304	-0.0523	0.1098	-0.0456	-0.2287	0.0164	0.1525	-0.0111	0.0196	0.1536	-0.0118	0.1522	-9.1478	-15.9164	16.1935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 166 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 167 through 276 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 0 through 152 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 153 through 276 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)