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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sbo | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (P21 Form 2) | |||||||||
要素 | Dephospho-CoA kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (P21 Form 2) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Seibold, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sbo.cif.gz | 180 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sbo.ent.gz | 141.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sbo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sbo_validation.pdf.gz | 445.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sbo_full_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8sbo_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sbo_validation.cif.gz | 29.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23850.084 Da / 分子数: 2 / 変異: G2T, V127I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: coaE, EAE_11320 / プラスミド: KlaeA.00139.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FR62, dephospho-CoA kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus H4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride ...詳細: Morpheus H4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride and 20 mM DL-Serine. KlaeA.00139.a.B1.PW39166 at 24.8 mg/mL. Plate: 13153, well H4 drop 1, Puck: PSL-1416, Cryo: Direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→63.81 Å / Num. obs: 77530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 529323 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.121 / Num. measured all: 38647 / Num. unique obs: 5715 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.461 / Rrim(I) all: 1.214 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→21.17 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→21.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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