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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sbn | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (P21 Form 1) | |||||||||
![]() | Dephospho-CoA kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (P21 Form 1) 著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23850.084 Da / 分子数: 1 / 変異: G2T, V127I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: coaE, EAE_11320 / プラスミド: KlaeA.00139.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Berkeley H6: 20% (w/v) PEG 1500, 12% (w/v) 1,6-hexanediol, 100 mM MES pH5.5, 100 mM CaCl2. 2mM CoA added prior to crystallization but not observed in the electron density. KlaeA.00139.a.B1. ...詳細: Berkeley H6: 20% (w/v) PEG 1500, 12% (w/v) 1,6-hexanediol, 100 mM MES pH5.5, 100 mM CaCl2. 2mM CoA added prior to crystallization but not observed in the electron density. KlaeA.00139.a.B1.PW39166 at 24.8 mg/mL. Plate: 13151, well H6 drop 3, Puck: PSL-1415, Cryo: 80% Berkeley H6 + 20% PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→48.73 Å / Num. obs: 68101 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 421459 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Num. measured all: 10653 / Num. unique obs: 2750 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 0.738 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→30.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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