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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sbf | ||||||
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タイトル | Full-length structure of the LysR-type transcriptional regulator, ACIAD0746, from Acinetobacter baylyi | ||||||
![]() | Putative transcriptional regulator (LysR family) | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type / LTTR / transcriptional regulator / cysteine biosynthesis / sulfur metabolism / sulfite | ||||||
機能・相同性 | LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Putative transcriptional regulator (LysR family)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E. / Galloway, N.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FinR, a LysR-type transcriptional regulator involved in sulfur homeostasis with homologs in diverse microorganisms 著者: Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E. / Galloway, N.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 833.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 584.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8sbhC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33478.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Polyhistidine purification tag added to C-terminus 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ACIAD0746 / プラスミド: pET28b(+).SapKO-CH.ACIAD0746 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: ACIAD0746 was dialyzed against 20 mM TRIS, 500 mM NaCl, 10 mM mercaptolethanol, 10% glycerol, pH 8. 2 microL protein was mixed with 2 microL Hampton Research HR-CSI-23 (0.2 M MgCl2, 0.1 M ...詳細: ACIAD0746 was dialyzed against 20 mM TRIS, 500 mM NaCl, 10 mM mercaptolethanol, 10% glycerol, pH 8. 2 microL protein was mixed with 2 microL Hampton Research HR-CSI-23 (0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v PEG 400) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月28日 / 詳細: Insertion device | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.29→100 Å / Num. obs: 57811 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.582 / Net I/av σ(I): 45.9 / Net I/σ(I): 19.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→26.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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