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万見
- PDB-8sbe: Structure of the rat vesicular glutamate transporter 2 determined... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sbe
タイトルStructure of the rat vesicular glutamate transporter 2 determined by single-particle Cryo-EM
要素Vesicular glutamate transporter 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glutamate transport / synaptic vesicle / Major facilitator Superfamily / excitatory neurotransmission
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / L-glutamate uniporter activity / phosphate ion uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import / neurotransmitter loading into synaptic vesicle ...sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / L-glutamate uniporter activity / phosphate ion uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / L-glutamate transmembrane transporter activity / potassium:proton antiporter activity / L-glutamate transmembrane transport / phosphate ion transport / phosphate ion homeostasis / neurotransmitter transmembrane transporter activity / neural retina development / regulation of synapse structure or activity / chloride channel activity / excitatory synapse / chloride channel complex / hippocampus development / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / early endosome / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicular glutamate transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Li, F. / Finer-Moore, J. / Eriksen, J. / Cheng, Y. / Edwards, R. / Stroud, R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS089713 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)K99MH119591 米国
American Heart Association17POST33660928 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Ion transport and regulation in a synaptic vesicle glutamate transporter.
著者: Fei Li / Jacob Eriksen / Janet Finer-Moore / Roger Chang / Phuong Nguyen / Alisa Bowen / Alexander Myasnikov / Zanlin Yu / David Bulkley / Yifan Cheng / Robert H Edwards / Robert M Stroud /
要旨: Synaptic vesicles accumulate neurotransmitters, enabling the quantal release by exocytosis that underlies synaptic transmission. Specific neurotransmitter transporters are responsible for this ...Synaptic vesicles accumulate neurotransmitters, enabling the quantal release by exocytosis that underlies synaptic transmission. Specific neurotransmitter transporters are responsible for this activity and therefore are essential for brain function. The vesicular glutamate transporters (VGLUTs) concentrate the principal excitatory neurotransmitter glutamate into synaptic vesicles, driven by membrane potential. However, the mechanism by which they do so remains poorly understood owing to a lack of structural information. We report the cryo-electron microscopy structure of rat VGLUT2 at 3.8-angstrom resolution and propose structure-based mechanisms for substrate recognition and allosteric activation by low pH and chloride. A potential permeation pathway for chloride intersects with the glutamate binding site. These results demonstrate how the activity of VGLUTs can be coordinated with large shifts in proton and chloride concentrations during the synaptic vesicle cycle to ensure normal synaptic transmission.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2023年5月3日ID: 6V4D
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vesicular glutamate transporter 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8931
ポリマ－58,8931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Vesicular glutamate transporter 2 / VGluT2 / Differentiation-associated BNPI / Differentiation-associated Na(+)-dependent inorganic ...VGluT2 / Differentiation-associated BNPI / Differentiation-associated Na(+)-dependent inorganic phosphate cotransporter / Solute carrier family 17 member 6


分子量: 58893.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: synonyms: VGLUT2, differentiation-associated BNPI, solute carrier family 17 member 6, Differentiation-associated NA(+)-dependent inorganic phosphate cotransporter
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc17a6, Dnpi, Vglut2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JI12

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vesicular glutamate transporter 2 in complex with a high-affinity Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5704

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1919729
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 243615 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 119.39 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00313175
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60144341
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0438502
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0036539
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9113451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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