PDB-8sao: Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase ThurKC in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sao

タイトル

Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase ThurKC in complex with ThurA1 leader peptide

要素

Class III lanthionine synthetase LanKC
Class III lanthipeptide

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / lanthipeptide / synthetase / kinase / lyase / cyclase / complex / class III / RIPP / natural product / transferase / bacterial / labionin

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide modification / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and Function of a Class III Metal-Independent Lanthipeptide Synthetase.
著者: Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2023年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sao.cif.gz	359.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sao.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sao_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sao_full_validation.pdf.gz	526.8 KB	表示
XML形式データ	8sao_validation.xml.gz	62.3 KB	表示
CIF形式データ	8sao_validation.cif.gz	83.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8samC 8sapC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Class III lanthipeptide

C: Class III lanthipeptide

B: Class III lanthionine synthetase LanKC

D: Class III lanthionine synthetase LanKC

200 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Class III lanthipeptide

B: Class III lanthionine synthetase LanKC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Class III lanthipeptide

D: Class III lanthionine synthetase LanKC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.028, 52.899, 233.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.728, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	2	B
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	-29 - -16	1 - 14
2	2	1	ALA	ALA	ASP	ASP	C	B	-29 - -16	1 - 14
3	3	2	ASN	ASN	VAL	VAL	B	C	4 - 862	1 - 859
4	4	2	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	4 - 862	1 - 859

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質・ペプチド	Class III lanthipeptide 分子量: 1584.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア) 遺伝子: EVG22_32215, EVG22_32220, EVG22_32230, EVG22_32235, EVG22_32240 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U1BAR4
#2: タンパク質	Class III lanthionine synthetase LanKC 分子量: 98398.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア) 遺伝子: lanKC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6H0TJ16

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% glycerol, 16% PEG 6000, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 160 mM calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00385 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00385 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→232.3 Å / Num. obs: 66801 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.51 Å / R_merge(I) obs: 0.519 / Num. unique obs: 524 / CC_1/2: 0.727

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.502→232.252 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 14.757 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.826 / ESU R Free: 0.369 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3072	3260	4.88 %
R_work	0.2456	63540	-
all	0.249	-	-
obs	-	66800	96.909 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.608 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.611 Å²	0 Å²	-0.241 Å²
2-	-	2.175 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.415 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→232.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13859	0	0	0	13859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	14125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.626	19057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.924	5	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.244	23.9	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.672	15	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.545	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10538
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	6823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	9609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.011	6.165	6864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.465	9.236	8566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.925	6.33	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.107	9.402	10491
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.271	81.894	21563
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.296	0.05	272
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.145	0.05	26369

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.29638	0.05004
1	2	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.29638	0.05004
2	3	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14452	0.05009
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14452	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.502-2.567	0.391	215	0.355	3717	0.357	5017	0.663	0.684	78.3735	0.35
2.567-2.637	0.364	208	0.301	4343	0.304	4956	0.757	0.769	91.8281	0.289
2.637-2.714	0.358	234	0.291	4462	0.294	4765	0.775	0.809	98.5519	0.279
2.714-2.797	0.338	220	0.281	4467	0.284	4697	0.815	0.818	99.7871	0.269
2.797-2.889	0.355	229	0.277	4226	0.281	4478	0.788	0.827	99.4864	0.262
2.889-2.99	0.317	199	0.257	4162	0.26	4372	0.832	0.855	99.7484	0.243
2.99-3.103	0.328	189	0.251	4068	0.254	4283	0.838	0.865	99.393	0.242
3.103-3.23	0.337	187	0.248	3794	0.252	4009	0.846	0.872	99.3016	0.24
3.23-3.374	0.35	185	0.256	3710	0.261	3912	0.827	0.865	99.5654	0.253
3.374-3.538	0.312	189	0.256	3539	0.258	3743	0.842	0.875	99.5993	0.254
3.538-3.73	0.323	161	0.257	3264	0.26	3549	0.853	0.881	96.5061	0.263
3.73-3.956	0.327	139	0.246	3123	0.249	3348	0.857	0.885	97.4313	0.256
3.956-4.229	0.282	172	0.231	2996	0.233	3171	0.875	0.908	99.9054	0.247
4.229-4.567	0.258	156	0.219	2814	0.221	2977	0.907	0.924	99.7649	0.241
4.567-5.003	0.261	136	0.214	2588	0.217	2735	0.906	0.919	99.5978	0.242
5.003-5.593	0.284	135	0.232	2327	0.235	2471	0.885	0.905	99.6358	0.263
5.593-6.458	0.304	112	0.262	2090	0.264	2223	0.869	0.898	99.0553	0.295
6.458-7.908	0.279	91	0.206	1650	0.21	1872	0.906	0.933	93.0021	0.24
7.908-11.177	0.225	67	0.178	1407	0.181	1486	0.93	0.944	99.1925	0.223
11.177-232.252	0.426	36	0.276	793	0.282	867	0.804	0.888	95.6171	0.427

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