PDB-8sae: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sae

タイトル

Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP and Hepes bound (C2 form)

要素

Cystathionine beta-lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP and Hepes bound (C2 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sae.cif.gz	330 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sae.ent.gz	272.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8sae_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sae_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8sae_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	8sae_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

90.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.064, 130.902, 82.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-653- HOH
2	1	A-813- HOH
3	1	B-607- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase 分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

#1: タンパク質

Cystathionine beta-lyase

分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A
由来: (組換発現)

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley F8: 55% MPD, 100 mM HEPES, pH 7.5. KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13119, well F8 drop 3, Puck: PSL-0911, Cryo: Direct

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→79.81 Å / Num. obs: 140067 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 987158
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.447 / Num. measured all: 73152 / Num. unique obs: 10181 / CC_1/2: 0.668 / R_pim(I) all: 0.576 / R_rim(I) all: 1.559 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4906: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→79.81 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1809	6851	4.89 %
R_work	0.1616	-	-
obs	0.1625	139987	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→79.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6012	0	120	551	6683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	8908
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.164	2343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	985
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3252	226	0.3051	4316	X-RAY DIFFRACTION	97
1.52-1.53	0.3081	220	0.2871	4404	X-RAY DIFFRACTION	97
1.53-1.55	0.2891	214	0.2802	4376	X-RAY DIFFRACTION	97
1.55-1.57	0.2858	229	0.2697	4376	X-RAY DIFFRACTION	97
1.57-1.59	0.2817	233	0.2698	4346	X-RAY DIFFRACTION	97
1.59-1.62	0.2791	214	0.2633	4416	X-RAY DIFFRACTION	97
1.62-1.64	0.2986	228	0.2611	4402	X-RAY DIFFRACTION	98
1.64-1.66	0.2777	209	0.2488	4376	X-RAY DIFFRACTION	98
1.66-1.69	0.2533	203	0.2347	4404	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.72	0.288	211	0.2403	4437	X-RAY DIFFRACTION	98
1.72-1.75	0.2615	238	0.2255	4415	X-RAY DIFFRACTION	98
1.75-1.78	0.2452	215	0.2189	4423	X-RAY DIFFRACTION	98
1.78-1.81	0.2614	241	0.2042	4387	X-RAY DIFFRACTION	98
1.81-1.85	0.2377	251	0.2	4387	X-RAY DIFFRACTION	98
1.85-1.89	0.2192	237	0.1924	4450	X-RAY DIFFRACTION	98
1.89-1.93	0.2102	232	0.1902	4399	X-RAY DIFFRACTION	98
1.93-1.98	0.2017	223	0.1884	4454	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.04	0.1975	235	0.171	4438	X-RAY DIFFRACTION	99
2.04-2.1	0.1962	221	0.1684	4460	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1-2.16	0.1934	238	0.1687	4460	X-RAY DIFFRACTION	99
2.16-2.24	0.1759	224	0.1599	4472	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.33	0.1892	250	0.1572	4428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.33-2.44	0.1693	238	0.1494	4495	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.56	0.1555	225	0.1442	4512	X-RAY DIFFRACTION	99
2.56-2.73	0.1703	216	0.1412	4493	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-2.94	0.1612	230	0.1408	4498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.23	0.1521	221	0.1384	4520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.7	0.1473	246	0.1274	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.66	0.1318	249	0.1156	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-79.81	0.159	234	0.1502	4554	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7549	-0.525	-2.2025	2.3825	-0.5502	3.8152	0.0451	-0.0684	-0.1277	0.018	-0.0424	0.3598	0.2251	-0.5076	0.0576	0.1615	-0.0976	0.0015	0.2744	-0.0059	0.1918	25.9441	-16.2287	3.2008
2	0.29	-0.0662	-0.325	1.2459	0.9388	4.1402	0.0465	0.0257	0.0585	-0.0548	-0.056	0.106	-0.0581	-0.4546	0.0029	0.1126	-0.0028	0.0274	0.2224	-0.0066	0.1635	28.0872	-5.4301	-8.4116
3	0.9735	-0.1748	-0.1031	1.1943	0.0468	1.5314	-0.0443	-0.1745	0.1341	0.0711	-0.0022	0.0182	-0.2268	-0.1333	0.0355	0.1539	0.0205	0.0294	0.2012	-0.0418	0.1409	34.42	11.2143	14.2988
4	0.4756	-0.3425	0.2341	1.4202	-0.3044	1.2294	0.0141	-0.0309	0.0126	-0.008	-0.039	0.0382	-0.0483	-0.1078	0.0186	0.1174	-0.0129	0.0381	0.1991	-0.0131	0.1477	35.4385	-0.7856	4.2372
5	0.2959	-0.1481	-0.0537	0.1596	0.1845	1.1591	0.0127	-0.2484	-0.0359	0.0832	0.0072	0.0428	0.0833	-0.2218	0.0035	0.189	-0.0495	0.0518	0.3504	-0.0041	0.1576	34.85	-6.459	26.8816
6	0.9939	-0.5294	0.566	1.4304	-0.0063	0.9601	-0.0628	-0.1843	0.0615	0.1209	0.0201	-0.1379	-0.0043	0.0119	0.0413	0.1898	-0.0344	0.0362	0.3028	-0.0141	0.1577	49.8901	-3.9291	30.139
7	3.4476	-0.3864	-2.0556	2.333	-1.4557	7.4302	0.0335	-0.3251	-0.2494	0.2541	-0.1532	-0.1355	0.3971	0.2805	0.1635	0.2246	-0.0144	-0.0197	0.1475	0.0325	0.1783	50.6676	-21.8256	16.4103
8	0.2571	0.0488	0.2102	0.2981	-0.01	0.6204	0.3263	-0.1577	-0.4954	0.0874	-0.0121	-0.0117	0.9184	0.0182	0.3063	0.7777	-0.128	-0.1838	0.0852	0.1555	0.3716	43.3777	-43.3826	12.5218
9	2.2053	1.1791	-0.9417	1.7736	-0.6929	0.4433	0.2645	-0.227	-0.0215	0.243	-0.1026	0.1806	0.1868	-0.4109	0.0169	0.306	-0.1694	0.0055	0.412	0.0584	0.1962	30.2175	-25.6887	18.9902
10	0.2186	0.2398	-0.0406	0.2684	-0.038	0.0166	0.1225	-0.2189	-0.3313	0.07	0.0134	0.1748	0.3498	-0.3239	0.0956	0.4773	-0.6504	0.0182	0.5343	0.1897	0.3631	16.8503	-35.3935	15.2294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 207 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 208 through 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 246 through 309 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 310 through 395 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 30 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 31 through 245 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 246 through 279 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 280 through 395 )

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)