PDB-8sad: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sad

タイトル

Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP/Malonate complex (C2 form)

要素

Cystathionine beta-lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP/Malonate complex (C2 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sad.cif.gz	334.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sad.ent.gz	275 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sad	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.589, 130.211, 82.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-676- HOH
2	1	A-835- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase 分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP. PLP and malonate are bound to the sample site with refined occupancy. 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

#1: タンパク質

Cystathionine beta-lyase

分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP. PLP and malonate are bound to the sample site with refined occupancy.
由来: (組換発現)

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

-
非ポリマー , 7種, 682分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Berkeley G2: 45% MPD, 0.2 M Sodium Malonate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5. KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13119, well G2 drop 3, Puck: PSL-0907, Cryo: Direct

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→79.97 Å / Num. obs: 175389 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 1209616
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.309 / Num. measured all: 87753 / Num. unique obs: 12918 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 0.54 / R_rim(I) all: 1.419 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4906: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→42.03 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1612	8645	4.93 %
R_work	0.146	-	-
obs	0.1467	175348	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6032	0	111	664	6807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	8944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.888	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.304	308	0.2868	5517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.43	0.2619	291	0.2695	5489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2932	301	0.2694	5597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2664	277	0.2549	5514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2345	287	0.2396	5524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2561	285	0.2356	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2423	286	0.2179	5550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2537	288	0.202	5494	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2186	284	0.2028	5611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.1983	290	0.196	5555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2083	291	0.1858	5513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2044	268	0.1772	5533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1912	284	0.1667	5563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2039	289	0.1694	5548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1809	301	0.1616	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1938	279	0.1603	5522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1695	282	0.1537	5572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1657	321	0.1469	5552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.163	299	0.1451	5544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1475	272	0.1472	5564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1614	272	0.1409	5558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1686	306	0.1398	5581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.156	293	0.1323	5501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.1361	266	0.1308	5596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.1407	287	0.1295	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1316	263	0.1276	5597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.02	0.1553	296	0.1355	5585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.45	0.1499	312	0.1226	5550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.1134	294	0.1107	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-42.03	0.1444	273	0.1347	5623	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6788	0.1076	0.1018	1.0244	-0.5494	1.5615	0.0671	0.0194	-0.0575	-0.0262	-0.0015	0.0926	0.0433	-0.1824	-0.0702	0.1326	-0.0021	0.0498	0.1582	-0.0044	0.121	27.2171	-11.9012	-5.6242
2	1.637	-0.2597	-0.9657	1.8237	-0.4056	5.4689	0.0793	0.0272	0.0638	-0.0471	-0.0041	0.0567	-0.0951	-0.1425	-0.0681	0.1381	-0.0047	0.0574	0.1243	-0.0051	0.1216	29.4799	-5.1473	-3.5989
3	0.724	0.079	0.1394	0.8276	-0.213	0.6938	-0.0382	-0.1288	0.1508	0.0576	-0.0014	-0.0285	-0.1194	0.0113	0.0352	0.1661	0.0062	0.0612	0.1527	-0.0341	0.1469	38.2308	13.6903	11.9889
4	0.4708	-0.106	0.0487	0.5193	0.0213	0.588	0.004	-0.1379	0.0519	0.0475	-0.0094	0.0528	-0.0676	-0.1108	0.009	0.1686	0.0087	0.0749	0.1983	-0.0166	0.1262	31.8973	3.8953	15.9633
5	1.8768	-0.6701	-1.953	1.8611	1.2522	2.5334	0.1208	0.1861	0.0688	-0.0414	-0.1431	0.0534	-0.1747	-0.1863	0.0032	0.1505	0.0076	0.0522	0.1451	-0.0058	0.1111	33.3203	5.1034	-1.7309
6	0.1427	-0.0318	-0.1689	0.0424	0.0044	0.2114	0.0452	-0.2729	-0.0586	0.0721	0.0196	0.0334	0.0527	-0.0683	0.1386	0.1828	-0.015	0.0882	0.3272	-0.0019	0.0867	35.231	-5.988	27.1909
7	0.8252	-0.1763	0.2394	0.6883	0.0083	0.6844	-0.0326	-0.2031	0.0286	0.0857	0.0195	-0.0927	-0.0163	0.0117	0.0113	0.1914	-0.0161	0.0543	0.2548	-0.0078	0.1184	50.2631	-3.9295	30.0472
8	1.7999	-0.6097	-0.5093	1.3433	0.7749	1.3939	0.059	-0.0906	-0.1027	0.0567	0.0322	-0.0858	0.0811	0.0931	-0.0995	0.1442	-0.0041	0.0139	0.088	0.0194	0.1307	57.705	-25.7354	10.6443
9	0.7503	0.9861	-0.262	2.1687	-0.1788	0.4656	0.1388	-0.0612	-0.2923	-0.0231	0.0361	-0.0266	0.2293	0.0205	-0.1225	0.2188	0.0057	-0.0417	0.1154	0.027	0.2312	50.9224	-36.5009	9.4751
10	0.1279	0.0242	0.0785	0.1935	0.1091	0.1016	0.1679	-0.1563	-0.4201	0.0937	0.0169	0.0342	0.3048	-0.0858	0.2003	0.4783	-0.1968	-0.1885	0.0899	0.2715	0.5372	35.1808	-51.3564	15.7951
11	0.3184	-0.466	-0.0401	2.1259	-1.1705	1.066	0.1487	-0.2292	-0.2586	0.1596	-0.0322	-0.0541	0.0988	-0.1002	-0.1383	0.2325	-0.0671	-0.0437	0.1668	0.0797	0.249	39.6141	-35.7231	14.6306
12	0.781	-0.5951	-0.4254	2.6867	-1.787	2.2302	0.1427	-0.098	-0.3401	0.073	-0.1095	-0.2764	0.2804	0.1484	0.0585	0.2672	-0.0133	-0.1024	0.1296	0.0299	0.3458	51.0963	-43.0302	7.781
13	1.8935	0.9889	-0.8338	0.8088	-0.23	0.5473	0.2741	-0.2065	0.0655	0.1158	-0.0103	0.1385	0.0568	-0.282	-0.0077	0.1927	-0.0741	0.0417	0.2978	0.1035	0.1642	30.5956	-25.6456	18.8753
14	0.2315	0.0172	0.065	0.0031	0.0023	0.02	0.0331	-0.0944	-0.0997	0.0495	0.0349	0.0701	0.0763	-0.1339	-0.0172	0.3244	-0.2202	-0.0217	0.4367	0.2779	0.3124	21.8532	-38.5534	26.0764
15	0.0131	0.0209	-0.0606	1.7488	-1.0262	0.7982	0.2082	-0.3378	-0.361	-0.0267	-0.0183	0.2481	0.2383	-0.2574	-0.1761	0.2606	-0.1159	-0.0234	0.2911	0.1063	0.3368	10.2441	-35.439	9.4923
16	0.5829	-0.0595	0.0164	0.0938	-0.2216	0.5661	0.195	-0.2726	-0.3311	0.0272	-0.013	0.1552	0.1907	-0.1983	-0.0646	0.2631	-0.1316	-0.0164	0.2923	0.113	0.3073	17.3371	-33.4186	11.995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 155 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 309 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 310 through 395 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 47 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 97 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 98 through 195 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 196 through 226 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 227 through 245 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 246 through 279 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 280 through 309 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 310 through 330 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 331 through 395 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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