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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sac | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes (P21212 form) | |||||||||
![]() | Cystathionine beta-lyase | |||||||||
![]() | LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / : / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes (P21212 form) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 615.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 511.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44102.242 Da / 分子数: 4 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystal Screen HT B10: 30% PEG 4000, 0.10 M Tris, pH 8.5, 0.20 M Sodium Acetate. KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13167, well B10 drop 2, Puck: PSL-0509, Cryo: Direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→105.85 Å / Num. obs: 148640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 2018010 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.946 / Num. measured all: 146043 / Num. unique obs: 10851 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.549 / Rrim(I) all: 2.023 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→60.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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