PDB-8sab: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sab

タイトル

Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP adduct with Alanine (C2 form)

要素

Cystathionine beta-lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP adduct with Alanine (C2 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sab.cif.gz	331.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sab.ent.gz	273.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sab	HTTPS FTP

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関連構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
181 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.325, 130.522, 82.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-645- HOH
2	1	A-759- HOH
3	1	B-583- HOH
4	1	B-690- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase 分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A and PLP adduct formed with Alanine. Present in a 10/90 ratio. 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

#1: タンパク質

Cystathionine beta-lyase

分子量: 44102.242 Da / 分子数: 2 / 変異: V244I, L360P / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A and PLP adduct formed with Alanine. Present in a 10/90 ratio.
由来: (組換発現)

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: EAE_03480 / プラスミド: KlaeA.00906.a.1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase

-
非ポリマー , 8種, 627分子

#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-PP3 / ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / VITAMIN B6 COMPLEXED WITH ALANINE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン分子量: 320.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpueus H12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride ...詳細: Morpueus H12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride and 20 mM DL-Serine. 2mM PLP and 2mM Arginine added to protein prior to crystallization, KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13220 well H12 drop 3, Puck: PSL-0506, Cryo: Direct

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpueus H12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→79.93 Å / Num. obs: 116919 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 667211
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.036 / Num. measured all: 50244 / Num. unique obs: 8555 / CC_1/2: 0.659 / R_pim(I) all: 0.462 / R_rim(I) all: 1.136 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4918: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→34.18 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1817	5773	4.94 %
R_work	0.159	-	-
obs	0.1602	116867	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6011	0	159	612	6782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.772	8923
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.853	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2863	182	0.2586	3643	X-RAY DIFFRACTION	99
1.62-1.64	0.2298	181	0.2612	3713	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.66	0.2742	182	0.2513	3659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.68	0.2767	227	0.2335	3626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.7	0.2548	185	0.2346	3672	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7-1.72	0.2687	171	0.228	3690	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.75	0.2292	195	0.2251	3698	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.77	0.263	179	0.2238	3678	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8	0.2259	197	0.21	3681	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.83	0.2471	185	0.2105	3739	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.86	0.2435	189	0.2111	3685	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.9	0.2418	171	0.1974	3709	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.93	0.2283	180	0.1909	3671	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.97	0.2238	208	0.1913	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.1973	216	0.1827	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2103	193	0.1803	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.2021	203	0.1764	3693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.2148	194	0.1793	3721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.2255	175	0.1728	3723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.31	0.1962	209	0.1678	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.1861	219	0.1576	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.1915	173	0.1484	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.1716	194	0.1443	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.1404	176	0.1428	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.1713	192	0.146	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.1555	219	0.1442	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.1436	191	0.1319	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.94	0.1411	197	0.1201	3741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.97	0.1188	188	0.1079	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-34.18	0.1744	202	0.1493	3755	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.644	-0.0657	-0.5791	1.634	-0.2532	3.0563	0.0755	-0.0627	-0.0155	0.0104	0.038	0.1484	0.0639	-0.3462	-0.123	0.082	-0.0218	0.0168	0.1766	0.0101	0.1446	27.658	-9.674	-4.215
2	0.7976	-0.1745	-0.2543	0.688	0.0396	0.9506	-0.0564	-0.1724	0.146	0.0732	0.0102	0.0267	-0.1085	-0.1301	0.0324	0.1202	0.0242	0.02	0.1734	-0.0396	0.1431	34.739	8.331	12.023
3	0.7215	-0.0716	-0.2007	0.1996	0.0947	0.5897	-0.0123	-0.3688	0.0232	0.075	0.0103	-0.0157	-0.0052	-0.1242	0.007	0.1638	-0.0124	0.0294	0.2966	-0.0043	0.1272	43.489	-5.128	28.593
4	3.3287	-0.4229	-1.8	3.1664	-0.4434	7.2855	0.06	-0.3761	-0.2406	0.2534	-0.1054	-0.0532	0.1278	0.1551	0.0703	0.139	-0.0242	-0.0191	0.116	0.0314	0.1598	50.615	-22.07	16.977
5	0.0903	0.2944	-0.1009	1.2928	0.1975	0.9591	0.1943	-0.0458	-0.2532	-0.0349	0.0439	-0.0103	0.3016	0.0825	-0.155	0.2631	0.0343	-0.1253	0.1449	0.0034	0.2891	55.385	-35.26	8.027
6	0.0055	-0.0108	0.0029	0.0734	0.0148	0.0097	0.0876	-0.0963	-0.1484	0.0446	-0.0182	-0.0656	0.1101	-0.0122	0.0348	0.5543	-0.1936	-0.2874	0.329	0.198	0.5631	34.242	-53.312	14.801
7	0.4328	0.5521	-0.5131	2.3034	-1.2497	2.1743	0.0684	-0.0938	-0.1236	0.0823	-0.0835	-0.2712	0.1863	0.0762	0.0855	0.3747	-0.1456	-0.1969	0.271	0.1613	0.3977	40.113	-43.095	20.43
8	0.3468	-0.4125	-0.0972	1.4056	-0.7741	0.8936	0.1601	-0.0998	-0.277	0.1734	0.0263	-0.1256	0.2479	0.025	-0.1309	0.3072	-0.0498	-0.1627	0.1576	0.033	0.3398	44.504	-37.348	9.095
9	0.2532	0.1788	-0.1623	0.1256	-0.1141	0.1023	0.1336	-0.1765	-0.1025	-0.0051	0.035	0.1428	0.1411	-0.2683	0.0618	0.3036	-0.1854	-0.0717	0.423	0.1795	0.2977	22.658	-32.431	19.101
10	0.918	0.3672	0.0235	0.1695	0.0985	0.4375	0.1249	-0.1022	-0.1456	0.0472	0.0092	0.1199	0.1597	-0.1481	0.0538	0.3148	-0.1973	-0.0737	0.387	0.1502	0.3049	17.133	-33.733	12.233
11	5.9378	0.9225	1.2086	1.9039	0.683	4.0072	-0.0983	0.7213	0.0168	-0.0399	0.0835	-0.0087	-0.0594	0.3864	0.0188	0.2849	-0.0361	0.106	0.0791	0.0458	0.1198	37.31	-19.056	12.132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:75 )	A	4 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 76:245 )	A	76 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 246:395 )	A	246 - 395
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 3:30 )	B	3 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 31:97 )	B	31 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 98:176 )	B	98 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 177:207 )	B	177 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 208:245 )	B	208 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 246:330 )	B	246 - 330
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 331:395 )	B	331 - 395
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 401:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )	A	401
12	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 401:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )	B	401

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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