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- PDB-8saa: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8saa | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP and phosphate bound (C2 form) | |||||||||
![]() | Cystathionine beta-lyase | |||||||||
![]() | LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
Function / homology | ![]() L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / lyase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP and phosphate bound (C2 form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 324.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 265.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 44102.242 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V244I, L360P Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A Source: (gene. exp.) ![]() Gene: EAE_03480 / Plasmid: KlaeA.00906.a.1 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Morpueus C9: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4, 2mM PLP and 2mM Arginine added to the protein prior to ...Details: Morpueus C9: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4, 2mM PLP and 2mM Arginine added to the protein prior to crystallization, KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13220, well C9 drop 3, Puck: PSL-0505, Cryo: Direct |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→80.03 Å / Num. obs: 156782 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 1088962 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.49 Å / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.308 / Num. measured all: 77576 / Num. unique obs: 11427 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.539 / Rrim(I) all: 1.417 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→33.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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