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- PDB-8s9w: Murine S100A7/S100A15 in presence of calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s9w
タイトルMurine S100A7/S100A15 in presence of calcium
要素Protein S100-A15A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-Hand (EFハンド) / Calcium binding protein (カルシウム結合タンパク質) / Nutritional immunity / Transition metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion sequestering activity / RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / : / calcium-dependent protein binding / 炎症 / calcium ion binding / 小胞体 / extracellular space ...zinc ion sequestering activity / RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / : / calcium-dependent protein binding / 炎症 / calcium ion binding / 小胞体 / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
S-100 / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EFハンド / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / THIOCYANATE ION / Protein S100-A15A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Harrison, S.A. / Naretto, A. / Balakrishnan, S. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI127793 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI101171 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Comparative analysis of the physical properties of murine and human S100A7: Insight into why zinc piracy is mediated by human but not murine S100A7.
著者: Harrison, S.A. / Naretto, A. / Balakrishnan, S. / Perera, Y.R. / Chazin, W.J.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A15A
B: Protein S100-A15A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,54517
ポリマ－23,7812
非ポリマー76415
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.540, 68.400, 85.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein S100-A15A / Protein S100-A7A / S100 calcium-binding protein A15A / S100 calcium-binding protein A7A


分子量: 11890.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: S100a15a, S100a15, S100a7, S100a7a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6S5I3

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非ポリマー , 6種, 95分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M of Potassium thiocyanate, 20% PEG MME 2K and 0.01M L-Proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→34.16 Å / Num. obs: 21458 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 19412 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
MoRDa位相決定
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→23.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.432 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23611 1088 5.1 %RANDOM
Rwork0.18561 ---
obs0.18823 20313 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2--2.27 Å2-0 Å2
3----4.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.69→23.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 37 80 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.6472188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4281.5763339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5945191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.44522.04198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75715268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2161511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9643.903774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9263.869765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8485.784954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8465.791955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3634.445856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2894.425850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2726.441227
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.66847.5261957
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.61547.4141943
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 72 -
Rwork0.399 1448 -
obs--99.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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