PDB-8s9r: SAL2, Staphylococcus aureus lipase 2 (geh, lip2), apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s9r

タイトル

SAL2, Staphylococcus aureus lipase 2 (geh, lip2), apo form

要素

Lipase 2

キーワード

HYDROLASE / SAL2 / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase / geh / SAL3 / lip2 / YP-042422.1 / WP_000943814.1 / SAOUHSC_00300 / Q2G155 / SAUSA300_0320 / NWMN_0262 / SACOL0317 / SACOL0390 / SA0309

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus USA100-CA-126 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Fellner, M.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SAL2, Staphylococcus aureus lipase 2 (geh, lip2), apo form
著者: Fellner, M.

履歴

登録	2023年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9r	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase 2

B: Lipase 2

ヘテロ分子

89.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase 2

B: Lipase 2

ヘテロ分子

A: Lipase 2

B: Lipase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Shows peaks for monomer, dimer and tetramer.
179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.146, 129.146, 251.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Lipase 2 / Glycerol ester hydrolase 2 分子量: 44467.891 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal GPG from expression tag / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA100-CA-126 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: lip2, geh, SAOUHSC_00300 / プラスミド: F1002 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G155, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.16 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 2uL 6.1 mg/ml SAL2 (20mM Tris pH 8.0, 300mM NaCl) were mixed with 2ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 500ul of 1M ammonium phosphate and 0.1M Tris pH 8.6. Crystal was ...詳細: 2uL 6.1 mg/ml SAL2 (20mM Tris pH 8.0, 300mM NaCl) were mixed with 2ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 500ul of 1M ammonium phosphate and 0.1M Tris pH 8.6. Crystal was frozen in a solution of ~25% ethylene glycol, 75% reservoir.

結晶

マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.16 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 2uL 6.1 mg/ml SAL2 (20mM Tris pH 8.0, 300mM NaCl) were mixed with 2ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 500ul of 1M ammonium phosphate and 0.1M Tris pH 8.6. Crystal was ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.58 Å / Num. obs: 66388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.649 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4385 / CC_1/2: 0.754 / R_pim(I) all: 0.666 / R_rim(I) all: 1.78 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
Aimless	0.7.8	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→47.58 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	3232	4.88 %
R_work	0.1992	-	-
obs	0.2004	66288	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6039	0	19	107	6165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6215
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.952	8427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.255	2236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	875
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1097

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.64	0.3548	129	0.3766	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.68	0.3989	138	0.3324	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.72	0.3561	145	0.3078	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.77	0.316	135	0.2792	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.82	0.2801	140	0.2563	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.87	0.289	138	0.2381	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.93	0.2728	142	0.253	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3	0.2917	110	0.2348	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.07	0.2537	145	0.2407	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.14	0.2768	122	0.2482	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.23	0.2551	149	0.2645	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.32	0.2961	140	0.254	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.43	0.2371	135	0.2161	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.55	0.2488	138	0.2153	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.69	0.2193	144	0.2074	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.86	0.2151	153	0.1942	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.07	0.2224	125	0.1993	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.32	0.1845	152	0.1616	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.65	0.1551	151	0.1544	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5.12	0.209	145	0.1567	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-5.86	0.1994	135	0.1751	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
5.86-7.38	0.1959	153	0.1781	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
7.38-47.58	0.2069	168	0.1741	2995	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5357	0.0864	-0.1428	1.5499	-0.1157	1.9671	0.0813	0.2964	-0.3408	-0.2734	-0.0879	-0.1552	0.3352	0.103	0.0091	0.4852	0.0817	0.0227	0.4438	-0.0639	0.4693	-50.7579	-44.152	-18.8913
2	4.7648	0.4806	-1.4678	2.2228	0.5888	3.0325	-0.0093	0.2142	0.1944	-0.2579	0.0289	0.1673	-0.0776	-0.3672	-0.0163	0.396	0.0293	0.0328	0.3368	0.0003	0.4149	-62.879	-38.532	-12.2285
3	0.9595	0.0622	0.0858	0.8047	-0.6285	1.8761	-0.0459	0.0333	0.1231	0.0324	0.0724	0.1551	-0.272	-0.2116	-0.0111	0.4478	0.0766	0.0495	0.4566	-0.0391	0.5343	-49.4669	-27.4898	-20.1902
4	6.4417	3.5541	-1.4525	4.7056	-0.6152	1.6614	0.2315	-0.6338	0.0217	0.2932	-0.2367	-0.415	-0.0547	0.3347	0.0071	0.4254	0.0918	-0.0212	0.5217	-0.0348	0.4146	-40.5326	-32.6613	0.303
5	6.9842	5.6307	2.9842	7.7605	0.3865	9.1083	0.2923	-0.4781	-0.8093	0.2582	-0.0911	-0.3782	0.8414	0.0037	-0.2466	0.464	0.035	0.0757	0.5304	0.0986	0.466	-49.2178	-46.7393	6.0206
6	0.363	0.8251	-1.2469	2.7403	-1.5161	6.3879	-0.2471	-0.5583	-0.3242	-0.1227	-0.1328	-0.8262	0.432	1.4123	0.3624	0.5034	0.1526	-0.0118	0.6023	0.059	0.6783	-33.6267	-42.7867	-4.9712
7	6.2599	3.8836	-2.053	3.9547	-0.5278	4.0383	0.2273	-0.5242	-1.0036	0.3369	-0.3977	-0.3994	0.6333	0.4787	0.1827	0.5871	0.1208	-0.037	0.4472	0.0733	0.6566	-43.0724	-55.7633	-4.9735
8	3.5956	0.2882	-0.26	2.7301	1.2856	6.3194	-0.0326	0.0165	0.3753	-0.2949	0.038	-0.1995	-0.6673	0.7335	-0.0148	0.4151	-0.0769	-0.0231	0.5877	0.0362	0.4404	-2.7761	-20.4401	-25.763
9	2.8091	-0.4832	-0.8279	1.8091	-1.0945	5.4824	-0.0861	0.0469	0.4136	-0.1662	-0.0344	-0.5459	-0.5628	1.3649	0.0868	0.5314	-0.1726	0.024	0.9626	-0.0424	0.5667	6.4947	-21.1386	-28.8912
10	5.2557	0.1743	-0.2814	3.617	0.9228	3.8036	-0.0581	0.9443	-0.4512	-0.55	-0.1773	-0.5758	-0.0878	1.0789	0.2664	0.621	-0.0877	0.1203	1.335	-0.1087	0.7533	15.8666	-25.7191	-41.9786
11	1.3363	-0.2971	-0.1619	1.4861	-0.3036	2.148	0.1255	-0.2562	-0.2817	-0.1386	-0.2191	-0.4329	-0.1067	0.9765	0.0791	0.4755	0.0686	-0.0276	1.0461	0.0011	0.5984	4.2639	-32.2297	-22.9747
12	4.2916	3.7702	-1.3715	4.3406	1.4341	7.2617	-0.1383	0.1697	0.4463	-0.6382	0.2672	0.1626	-0.3867	0.5525	-0.1232	0.3659	0.0025	0.0024	0.4441	0.0098	0.4633	-12.7264	-30.24	-40.9418
13	2.1978	0.9131	1.3628	2.6264	-1.028	9.3028	0.0175	0.3908	-0.3567	-0.4965	0.171	-0.167	0.9072	1.0408	-0.1489	0.5003	0.0278	0.0496	0.5219	-0.0832	0.5449	-6.9232	-36.6036	-42.1394
14	4.0759	1.4949	-0.8025	3.2837	0.707	3.7215	0.1601	-0.4706	-0.4233	0.1105	-0.2439	-0.5755	0.2855	1.1035	0.0867	0.441	0.1816	-0.0918	0.9118	0.0994	0.5718	1.1939	-37.8168	-15.0724
15	5.039	2.1182	1.4159	3.8618	0.7512	6.9504	0.1104	-1.0081	-0.9879	0.2831	0.1602	-0.6364	0.7338	0.394	-0.2775	0.5043	0.0992	-0.0386	0.8184	0.1126	0.6311	-5.5925	-44.4435	-14.9452
16	0.4899	0.4906	1.0844	1.7921	1.6881	2.7312	-0.0319	0.1562	0.105	0.1027	0.4723	-0.4537	0.2253	1.227	-0.4314	0.5454	0.1171	-0.1002	1.4894	-0.0282	0.8009	11.3458	-30.7612	-8.7875
17	1.4142	0.1037	1.454	3.923	0.347	5.2324	-0.0493	-0.8253	0.0097	0.1229	-0.0095	-0.1842	-0.4621	0.4954	0.0711	0.425	-0.0017	0.0036	0.7963	-0.0577	0.4324	-3.6212	-25.1906	-8.9313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 151 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 152 through 243 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 315 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 316 through 337 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 338 through 363 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 364 through 385 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 88 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 89 through 131 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 132 through 151 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 152 through 181 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 182 through 218 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 219 through 243 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 244 through 285 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 286 through 315 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 316 through 337 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 338 through 385 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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