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万見
- PDB-8s9p: 1:1:1 agrin/LRP4/MuSK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s9p
タイトル1:1:1 agrin/LRP4/MuSK complex
要素
  • Agrin
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 4
  • Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / agrin / LRP4 / MuSK / NMJ / RTK
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of presynaptic membrane organization / positive regulation of protein geranylgeranylation / histone H2AXY142 kinase activity / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction ...positive regulation of presynaptic membrane organization / positive regulation of protein geranylgeranylation / histone H2AXY142 kinase activity / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / clustering of voltage-gated sodium channels / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / chondroitin sulfate binding / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / postsynaptic membrane assembly / HS-GAG biosynthesis / presynaptic membrane assembly / HS-GAG degradation / negative regulation of axonogenesis / sialic acid binding / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / proximal/distal pattern formation / Wnt-protein binding / dystroglycan binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / histone H3Y41 kinase activity / NCAM1 interactions / heparan sulfate proteoglycan binding / dorsal/ventral pattern formation / synaptic assembly at neuromuscular junction / limb development / negative regulation of ossification / positive regulation of filopodium assembly / dendrite morphogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / embryonic digit morphogenesis / neuromuscular junction development / generation of neurons / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / receptor clustering / RSV-host interactions / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of Rac protein signal transduction / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / basement membrane / regulation of postsynapse assembly / Non-integrin membrane-ECM interactions / apolipoprotein binding / plasma membrane raft / hair follicle development / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / Retinoid metabolism and transport / coreceptor activity / laminin binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of GTPase activity / lysosomal lumen / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / kidney development / synaptic membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / synapse organization / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / neuromuscular junction / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding / structural constituent of cytoskeleton / memory / Golgi lumen / Wnt signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / scaffold protein binding / : / postsynaptic membrane / cell differentiation / Attachment and Entry / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / postsynaptic density
類似検索 - 分子機能
NtA (N-terminal agrin) domain / Agrin NtA domain / NtA (N-terminal agrin) domain profile. / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. ...NtA (N-terminal agrin) domain / Agrin NtA domain / NtA (N-terminal agrin) domain profile. / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / Laminin EGF domain / : / Complement Clr-like EGF domain / Laminin-type EGF domain / SEA domain superfamily / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement Clr-like EGF-like / Kazal-type serine protease inhibitor domain / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / : / Laminin G domain profile. / Kazal type serine protease inhibitors / Laminin G domain / Laminin G domain / Kazal domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / Kazal domain / Kazal domain profile. / LDLR class B repeat / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / Immunoglobulin domain / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Agrin / Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase / Low-density lipoprotein receptor-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xie, T. / Xu, G.J. / Liu, Y. / Quade, B. / Lin, W.C. / Bai, X.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143158 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly of the agrin/LRP4/MuSK signaling complex.
著者: Tian Xie / Guangjun Xu / Yun Liu / Bradley Quade / Weichun Lin / Xiao-Chen Bai /
要旨: MuSK is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in the formation and maintenance of the neuromuscular junction. Distinct from most members of RTK family, MuSK activation requires ...MuSK is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in the formation and maintenance of the neuromuscular junction. Distinct from most members of RTK family, MuSK activation requires not only its cognate ligand agrin but also its coreceptors LRP4. However, how agrin and LRP4 coactivate MuSK remains unclear. Here, we report the cryo-EM structure of the extracellular ternary complex of agrin/LRP4/MuSK in a stoichiometry of 1:1:1. This structure reveals that arc-shaped LRP4 simultaneously recruits both agrin and MuSK to its central cavity, thereby promoting a direct interaction between agrin and MuSK. Our cryo-EM analyses therefore uncover the assembly mechanism of agrin/LRP4/MuSK signaling complex and reveal how MuSK receptor is activated by concurrent binding of agrin and LRP4.
履歴
登録2023年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agrin
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 4
C: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,0043
ポリマ－527,0043
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Agrin


分子量: 217553.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGRN, AGRIN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00468
#2: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 4 / LRP-4 / Multiple epidermal growth factor-like domains 7


分子量: 212287.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP4, KIAA0816, LRP10, MEGF7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75096
#3: タンパク質 Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase / Muscle-specific tyrosine-protein kinase receptor / MuSK / Muscle-specific kinase receptor


分子量: 97163.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUSK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15146, receptor protein-tyrosine kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 1:1:1 agrin/LRP4/MuSK complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, and 2 mM CaCl2
試料濃度: 0.56 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2414116
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82511 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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