PDB-8s9o: DNA cytosine-N4 methyltransferase (residues 61-324) from the Bdel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s9o

タイトル

DNA cytosine-N4 methyltransferase (residues 61-324) from the Bdelloid rotifer Adineta vaga - P1 crystal form

要素

DNA cytosine-N4 methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / DNA Cytosine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

SINEFUNGIN

機能・相同性情報

生物種

Adineta vaga (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural characterization of the first-discovered metazoan DNA cytosine-N4 methyltransferase from the bdelloid rotifer Adineta vaga.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Kaur, G. / Chen, Q. / Li, X. / Mendoza, F. / Wu, T. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.

履歴

登録	2023年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s9o.cif.gz	226.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s9o.ent.gz	159.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s9mC 8s9nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA cytosine-N4 methyltransferase

B: DNA cytosine-N4 methyltransferase

ヘテロ分子

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.646, 53.301, 54.376
Angle α, β, γ (deg.)	97.040, 104.340, 98.200
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	DNA cytosine-N4 methyltransferase 分子量: 31915.170 Da / 分子数: 2 / 断片: Methyltransferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Adineta vaga (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→51.96 Å / Num. obs: 38198 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.31 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_pim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1866 / CC_1/2: 0.323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→26.02 Å / SU ML: 0.3197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.9672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	1917	5.05 %
R_work	0.2058	36027	-
obs	0.208	37944	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→26.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3575	0	102	177	3854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	3782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5875	5131
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0421	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	674
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0745	1387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.98	0.4133	131	0.3817	2430	X-RAY DIFFRACTION	90.24
1.98-2.04	0.4146	122	0.3673	2526	X-RAY DIFFRACTION	95.08
2.04-2.1	0.3814	132	0.3278	2548	X-RAY DIFFRACTION	95.89
2.1-2.16	0.3062	137	0.2991	2599	X-RAY DIFFRACTION	96.3
2.16-2.24	0.3127	133	0.2777	2580	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.24-2.33	0.2704	134	0.245	2583	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.33-2.44	0.3137	138	0.2312	2581	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.44-2.57	0.2672	140	0.2224	2588	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.57-2.73	0.2604	137	0.2148	2611	X-RAY DIFFRACTION	97.65
2.73-2.94	0.2742	136	0.208	2611	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.94-3.23	0.2555	140	0.1928	2600	X-RAY DIFFRACTION	97.72
3.23-3.7	0.1887	150	0.1818	2572	X-RAY DIFFRACTION	97.21
3.7-4.66	0.2099	149	0.1503	2581	X-RAY DIFFRACTION	97.01
4.66-26.02	0.2065	138	0.1699	2617	X-RAY DIFFRACTION	97.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.22754380516	-0.464825911973	0.0519142183807	4.92419290207	0.0718989897612	4.3160883467	-0.0227347886813	0.569573401224	0.124858889702	-0.470858244061	0.0979745419889	-0.277930630102	-0.282390489761	0.486726400654	-0.0748615714199	0.282781102284	-0.0349391102369	0.0120128169246	0.3141873642	-0.0322256418757	0.219739869905	14.4105019726	-2.72987600203	-2.30956068105
2	3.57470566529	0.165333396852	1.19296261287	0.682877860634	0.588420210012	2.79884072626	-0.0146150684119	0.148402620329	-0.250928788343	-0.063132423813	0.116980086249	-0.14436715004	0.0817577418021	0.176477963599	-0.0940419045505	0.200260903271	-0.0314945601407	0.00390216606989	0.257561689321	-0.0919794471314	0.281318009196	18.2332474992	-10.0868015291	9.94381235118
3	0.692013151977	-1.25624636802	-0.574251411075	2.4603230603	2.11965533779	6.96967409144	0.0224349812044	-0.353045792618	1.02279360577	0.176667320017	0.177369903821	-0.879691371003	-1.2002318721	0.768626119314	-0.197304498149	0.542183471039	-0.124733565756	-0.0376284078015	0.480060871422	-0.195685866802	0.699975962552	47.9419301142	20.9939084672	27.4824835342
4	4.24253381538	-0.0180867165119	1.73466191433	5.89862474854	-3.76025422817	7.19176417387	-0.288915566361	0.188511624065	-0.212974239558	0.0437804707062	0.0532779931986	1.61887163848	-1.06844320453	-1.18182678548	0.237428978715	0.518170899805	0.104423191745	-0.120445324766	0.499144171782	-0.276760428127	0.620426019969	32.3534397521	15.7401161961	25.6193365836
5	5.33385891002	-0.0461996841978	-2.13728681007	6.65644578731	-0.950712032599	6.18591571834	-0.186344798618	0.277537373788	0.822307414432	-0.3136799109	0.243660674183	0.754073387468	-1.08631471895	-0.695408700374	-0.0515122268316	0.437679663233	0.0545771330656	-0.145560154154	0.346388489756	-0.0412855980255	0.396634872833	37.3604833055	15.6480941541	18.5895448004
6	2.58078867844	1.10043992191	0.415279732444	2.14018529556	0.868842055117	1.11260016844	0.00846943602901	-0.365264437614	0.260489923562	0.0683638550545	-0.0772784716992	0.13212309218	-0.0838721076919	-0.137875712558	0.0592463656867	0.202228415187	0.0214899355347	-0.0405826253544	0.380798252684	-0.121723903598	0.321010610781	37.8546243635	5.10966051293	28.4056717819

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 67 through 175 )	A	B	67 - 175	2 - 82
2	2	chain 'A' and (resid 176 through 324 )	A	B	176 - 324	83 - 231
3	3	chain 'B' and (resid 73 through 102 )	B	K	73 - 102	2 - 31
4	4	chain 'B' and (resid 103 through 135 )	B	K	103 - 135	32 - 43
5	5	chain 'B' and (resid 136 through 175 )	B	K	136 - 175	44 - 74
6	6	chain 'B' and (resid 176 through 325 )	B	K	176 - 325	75 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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