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- PDB-8s9n: DNA cytosine-N4 methyltransferase (residues 61-324) from the Bdel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s9n
タイトルDNA cytosine-N4 methyltransferase (residues 61-324) from the Bdelloid rotifer Adineta vaga - C2 crystal form
要素DNA cytosine-N4 methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / DNA Cytosine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性SINEFUNGIN
機能・相同性情報
生物種Adineta vaga (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural characterization of the first-discovered metazoan DNA cytosine-N4 methyltransferase from the bdelloid rotifer Adineta vaga.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Kaur, G. / Chen, Q. / Li, X. / Mendoza, F. / Wu, T. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2023年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA cytosine-N4 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5456
ポリマ－31,9151
非ポリマー6305
水1,18966
1
A: DNA cytosine-N4 methyltransferase
ヘテロ分子

A: DNA cytosine-N4 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,09012
ポリマ－63,8302
非ポリマー1,25910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4350 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.426, 82.285, 49.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-521-

HOH

21A-555-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA cytosine-N4 methyltransferase


分子量: 31915.170 Da / 分子数: 1 / 断片: Methyltransferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Adineta vaga (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus
#2: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→52.63 Å / Num. obs: 21990 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1082 / CC1/2: 0.435 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→34.23 Å / SU ML: 0.2639 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.4711
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 1094 5.05 %
Rwork0.2008 20559 -
obs0.2022 21653 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→34.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1781 0 43 66 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00371872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65492542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0456278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.85682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.980.38631420.40682296X-RAY DIFFRACTION89.37
1.98-2.080.40111320.35382592X-RAY DIFFRACTION98.41
2.08-2.210.35051340.30612583X-RAY DIFFRACTION99.38
2.21-2.380.26841540.24622580X-RAY DIFFRACTION99.27
2.38-2.620.2421460.21892587X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-30.21661320.20252622X-RAY DIFFRACTION99.78
3-3.780.22851380.18752603X-RAY DIFFRACTION99.82
3.78-34.230.18291160.16362696X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.838977561911.35652894213-0.6125103902965.578671448650.2483232724033.715715547570.292866670623-0.439887061525-0.6651781095830.560367546907-0.506357579431-0.2260527900980.8538047393690.8589940205570.2218881719530.6045789776840.113183552947-0.06489017430270.7809889945720.04211981565710.50446902391217.3637973809-0.26075189716828.6223703636
26.774152976690.430652454343-3.563116173913.59376285065-2.02523949966.13753814183-0.05271212822950.204920576673-1.01366123568-0.402234712654-0.0531950473462-0.2766470230451.230100187780.447380666610.07814443671340.5364168503370.124178324058-0.1395956733680.538927639203-0.05298046468370.52792930352712.1798729946-0.44913109532617.0962269459
33.43281320303-1.036450511551.866925599166.62949068921-2.462543749234.655184773260.4494563496230.321186680568-0.912891150944-0.845840476191-0.223429920907-0.4283160147051.19220969390.289550202653-0.198398132030.5840000333580.0647502850546-0.066710904460.436606367687-0.05118215573890.5717880537495.44566613971.0018467034210.698435941
42.19427338926-0.370791974194-1.113164375470.395827241614-0.849861538018.695218801830.1138368281210.0359431752806-0.119818891634-0.07206407967690.146222090944-0.04985830021940.1394141062830.184081670059-0.2678771625250.291712951602-0.01710690072350.0004399364800430.295843944253-0.02687529352690.3807704835251.9514721863313.21179707367.16654149092
59.81761491143-4.145570102451.902321805982.0647618453-6.061888351348.772336700930.6917803906660.5443080042721.218532862850.00964400058822-1.12154584157-1.87763076158-0.3090816783683.215586533590.5047963142410.64961985512-0.1032843291630.08002885416961.53519959353-0.05722687131810.76580964506917.2639791617.84538311778.1217657432
65.02705696881-0.07430377420160.3350934064233.14434518844-1.827851933566.366989651780.200226754863-0.4881594659890.07293439634230.0954101630571-0.0934074210209-0.277060816243-0.1582636790650.91752362043-0.1083820500460.308348737793-0.03579839055920.001269404909550.419351853059-0.04667735629020.30963453946511.430321988812.656616494320.9703643109
79.41863637449-6.030020949154.408917591296.44727123784-3.403402633685.83426263097-0.2103708034770.2156769651160.7675480845240.111203448777-0.0645827765306-0.924834245103-0.6495147354831.610818570950.4041318661120.466942325814-0.1336031697960.0133240731570.8552120668620.05060001232790.53120270439620.697958158818.206494686519.8430192617
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: B

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 68 through 88 )68 - 882 - 22
22chain 'A' and (resid 89 through 137 )89 - 13723 - 47
33chain 'A' and (resid 138 through 194 )138 - 19448 - 95
44chain 'A' and (resid 195 through 244 )195 - 24496 - 145
55chain 'A' and (resid 245 through 258 )245 - 258146 - 159
66chain 'A' and (resid 259 through 303 )259 - 303160 - 204
77chain 'A' and (resid 304 through 324 )304 - 324205 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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