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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s9n | |||||||||
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タイトル | DNA cytosine-N4 methyltransferase (residues 61-324) from the Bdelloid rotifer Adineta vaga - C2 crystal form | |||||||||
![]() | DNA cytosine-N4 methyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE/INHIBITOR / DNA Cytosine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | SINEFUNGIN![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural characterization of the first-discovered metazoan DNA cytosine-N4 methyltransferase from the bdelloid rotifer Adineta vaga. 著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Kaur, G. / Chen, Q. / Li, X. / Mendoza, F. / Wu, T. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8s9mC ![]() 8s9oC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31915.170 Da / 分子数: 1 / 断片: Methyltransferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SFG / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→52.63 Å / Num. obs: 21990 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1082 / CC1/2: 0.435 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→34.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: B
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