[日本語] English
万見
- PDB-8s9e: Solution structure of jarastatin (rJast), a disintegrin from Both... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s9e
タイトルSolution structure of jarastatin (rJast), a disintegrin from Bothrops jararaca
要素Disintegrin jarastatin
キーワードTOXIN / Protein / Disintegrin
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / toxin activity / apoptotic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin jarastatin
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops jararaca (ヘビ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Vasconcelos, A.A. / Estrada, J.E.C. / Zingali, R.B. / Almeida, F.C.L.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)313517/2021-5 ブラジル
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Toward the mechanism of jarastatin (rJast) inhibition of the integrin alpha V beta 3.
著者: Vasconcelos, A.A. / Estrada, J.C. / Caruso, I.P. / Kurtenbach, E. / Zingali, R.B. / Almeida, F.C.L.
履歴
登録2023年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Disintegrin jarastatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7621
ポリマ－7,7621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Disintegrin jarastatin


分子量: 7761.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bothrops jararaca (ヘビ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q0NZX5
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HNCO
171isotropic1HN(CA)CO
181isotropic2HBHA(CO)NH
191isotropic2(H)CCH-TOCSY
1101isotropic215N NOESY-HSQC
1111isotropic213C NOESY-HSQC

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 800 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] rJAST, 90% H2O/10% D2O
詳細: 5 mM sodium phosphate buffer pH 6.0 / Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 800 uM / 構成要素: rJAST / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 5 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: conditions_1 / pH: 6 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
NMRPipe2022.311.13.21Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 / 詳細: Water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る