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- PDB-8s98: Crystal structure of the TYK2 pseudokinase domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s98
タイトルCrystal structure of the TYK2 pseudokinase domain in complex with compound 8
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE / TYK2 / pseudokinase / JH2 / immunology
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of natural killer cell proliferation / growth hormone receptor binding / extrinsic component of plasma membrane / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / MAPK3 (ERK1) activation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / immune response / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZRU / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Toms, A.V. / Leit, S. / Greenwood, J.R. / Carriero, S. / Mondal, S. / Abel, R. / Ashwell, M. / Blanchette, H. / Boyles, N. / Cartwright, M. ...Toms, A.V. / Leit, S. / Greenwood, J.R. / Carriero, S. / Mondal, S. / Abel, R. / Ashwell, M. / Blanchette, H. / Boyles, N. / Cartwright, M. / Collis, A. / Feng, S. / Ghanakota, P. / Harriman, G.C. / Hosagrahara, V. / Kaila, N. / Kapeller, R. / Rafi, S. / Romero, D.L. / Tarantino, P. / Timaniya, J. / Wester, R.T. / Westlin, W. / Srivastava, B. / Miao, W. / Tummino, P. / McElwee, J.J. / Edmondson, S.D. / Massee, C.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Potent and Selective Tyrosine Kinase 2 Inhibitor: TAK-279.
著者: Leit, S. / Greenwood, J. / Carriero, S. / Mondal, S. / Abel, R. / Ashwell, M. / Blanchette, H. / Boyles, N.A. / Cartwright, M. / Collis, A. / Feng, S. / Ghanakota, P. / Harriman, G.C. / ...著者: Leit, S. / Greenwood, J. / Carriero, S. / Mondal, S. / Abel, R. / Ashwell, M. / Blanchette, H. / Boyles, N.A. / Cartwright, M. / Collis, A. / Feng, S. / Ghanakota, P. / Harriman, G.C. / Hosagrahara, V. / Kaila, N. / Kapeller, R. / Rafi, S.B. / Romero, D.L. / Tarantino, P.M. / Timaniya, J. / Toms, A.V. / Wester, R.T. / Westlin, W. / Srivastava, B. / Miao, W. / Tummino, P. / McElwee, J.J. / Edmondson, S.D. / Masse, C.E.
履歴
登録2023年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
C: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0736
ポリマ－99,0133
非ポリマー1,0603
水11,259625
1
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3582
ポリマ－33,0041
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3582
ポリマ－33,0041
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3582
ポリマ－33,0041
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.108, 112.602, 156.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 33004.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZRU / (8S)-N-cyclopropyl-5-[(2-methoxypyridin-3-yl)amino]-7-(methylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide


分子量: 353.378 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The purified protein was used in crystallization trials employing both, a standard screen with approximately 1200 different conditions, as well as crystallization conditions identified using ...詳細: The purified protein was used in crystallization trials employing both, a standard screen with approximately 1200 different conditions, as well as crystallization conditions identified using literature data. Conditions initially obtained have been optimised using standard strategies, systematically varying parameters critically influencing crystallization, such as temperature, protein concentration, drop ratio, and others. These conditions were also refined by systematically varying pH or precipitant concentrations.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→91.47 Å / Num. obs: 68019 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rrim(I) all: 0.149 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.92
反射 シェル解像度: 1.87→2.12 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / Num. unique obs: 21481 / Rrim(I) all: 0.504 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→47.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 9.676 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27367 2213 3.3 %RANDOM
Rwork0.22454 ---
obs0.22617 65806 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.432 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å2-0 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.87→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6092 0 78 625 6795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0156043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.6628731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.421.58613903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5485788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67720.901333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.234151044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7291553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5140.5483149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5140.5473148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9330.8123938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9330.8133939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4730.5943270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4720.5943271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7660.8734785
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.3647.5777363
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.2166.9047221
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 151 -
Rwork0.326 4836 -
obs--95.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3255-0.20720.20950.7868-0.51561.85560.07850.2985-0.0482-0.2214-0.0244-0.03510.07470.1092-0.05410.0730.00930.02330.072-0.01590.4011-29.332-78.608-13.412
21.1431-0.51130.12441.98230.22370.86550.0045-0.17980.09560.17110.0257-0.0143-0.077-0.0713-0.03020.0308-0.00050.01010.0323-0.01710.3419-29.006-68.2966.975
32.2026-0.4427-0.35931.40090.8031.64660.00660.3687-0.1271-0.2137-0.03460.0537-0.0459-0.08670.0280.0472-0.0062-0.02030.0655-0.02640.37930.905-38.43415.695
41.0981-0.0399-0.08992.1867-0.27691.0979-0.0304-0.2115-0.08060.24650.0642-0.01190.14720.1175-0.03380.06040.0306-0.00950.05340.00380.36520.277-44.61838.014
52.5936-0.43330.67791.14080.0612.1981-0.0741-0.37750.15710.2406-0.01120.0807-0.0497-0.12410.08530.0666-0.00560.02690.0603-0.03450.3592-23.029-21.84939.766
61.2380.60140.20871.9196-0.62470.995-0.05310.22650.0312-0.21380.07040.0393-0.08570.0949-0.01730.0649-0.01530.00390.0453-0.00880.3604-23.592-15.49417.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A578 - 689
2X-RAY DIFFRACTION2A690 - 867
3X-RAY DIFFRACTION3B578 - 689
4X-RAY DIFFRACTION4B690 - 867
5X-RAY DIFFRACTION5C578 - 689
6X-RAY DIFFRACTION6C690 - 868

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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