PDB-8s8v: OPR3 variant R283D in its monomeric form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s8v

タイトル

OPR3 variant R283D in its monomeric form

要素

12-oxophytodienoate reductase 3

キーワード

FLAVOPROTEIN / ene-reductase / Old Yellow Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Analysis of homodimer formation in 12-oxophytodienoate reductase 3 in solutio and crystallo challenges the physiological role of the dimer.
著者: Kerschbaumer, B. / Macheroux, P. / Bijelic, A.

履歴

登録	2024年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s8v.cif.gz	282.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s8v.ent.gz	228 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s8v_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s8v_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8s8v_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	8s8v_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/8s8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/8s8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qn1C 8qn9C 8s8yC 9em0C 9em2C 9em3C 9em4C 9em5C 9em6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

B: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.390, 89.314, 95.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	12-oxophytodienoate reductase 3 分子量: 44359.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES/Tris (6.5), 10 mM ammonium sulfate, 8-16% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→44.66 Å / Num. obs: 133610 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.9 / R_pim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 1.71
反射シェル	解像度: 2.69→2.76 Å / Num. unique obs: 37427 / CC_1/2: 0.18 / R_pim(I) all: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→44.66 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2966	1445	10.03 %
R_work	0.2497	-	-
obs	0.2545	14404	93.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→44.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5451	0	62	0	5513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	7706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.385	1996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	858
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.11	0.3386	136	0.2997	1226	X-RAY DIFFRACTION	91
3.11-3.23	0.3316	134	0.2881	1284	X-RAY DIFFRACTION	94
3.23-3.38	0.301	150	0.2803	1301	X-RAY DIFFRACTION	96
3.38-3.56	0.3213	149	0.2561	1307	X-RAY DIFFRACTION	96
3.56-3.78	0.3449	142	0.249	1283	X-RAY DIFFRACTION	95
3.78-4.07	0.2666	149	0.2324	1304	X-RAY DIFFRACTION	95
4.07-4.48	0.275	148	0.2297	1298	X-RAY DIFFRACTION	94
4.48-5.13	0.2549	143	0.2282	1309	X-RAY DIFFRACTION	94
5.13-6.46	0.3301	140	0.2553	1301	X-RAY DIFFRACTION	92
6.46-44.66	0.2762	154	0.2391	1346	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1651	-0.0831	-0.0206	0.4887	-0.3647	0.4243	0.0357	-0.2546	-0.1112	0.2372	-0.0706	0.0052	0.078	0.0206	0.0913	0.32	0.0046	0.0182	0.2831	0.029	0.3279	3.3783	17.7399	14.7122
2	0.9753	-0.5079	0.8595	1.0287	-0.6151	0.7922	-0.0269	0.0797	0.1355	0.1522	-0.0255	0.0458	-0.1003	0.0767	-0.0981	0.3226	-0.0448	0.0739	0.219	-0.0391	0.3205	7.7379	28.6074	28.0175
3	0.4441	-0.2206	-0.3337	0.9126	0.163	0.6898	0.0535	0.1254	-0.2403	0.0822	-0.2785	0.0935	0.0271	0.1389	-0.0897	0.2741	-0.0339	-0.0293	0.3955	0.0969	0.324	-8.5395	26.5865	12.9854
4	0.0938	-0.0876	0.2984	0.0767	-0.2239	1.241	-0.0253	0.0829	0.13	-0.1134	-0.0107	0.1945	0.2101	0.227	0.1324	0.3232	-0.0674	0.0441	0.1975	0.0595	0.3521	46.4599	28.6456	33.8855
5	1.1012	-0.3325	0.6941	1.1677	0.0317	1.9008	0.1762	0.139	0.0845	-0.1623	-0.1768	-0.3789	-0.192	0.4008	-0.1673	0.2476	-0.0421	0.0398	0.1701	-0.0263	0.3174	51.8142	27.2012	16.4951
6	0.5112	0.3634	-0.115	2.1182	0.2181	0.2457	0.0601	0.0536	-0.4428	-0.6076	0.1508	-0.1961	-0.2573	0.1722	0.2353	0.3764	0.0676	-0.042	0.273	-0.0045	0.2988	52.9774	15.726	20.5914
7	1.2854	-0.4297	1.0458	0.8098	-0.0303	2.0421	0.1495	0.2888	0.0724	0.0255	-0.0369	-0.1154	0.1379	0.2063	0.1138	0.358	-0.0505	-0.019	0.1351	0.0004	0.3024	45.1836	9.656	26.1903
8	1.4403	-0.0361	-0.4059	1.1609	0.1981	0.8988	0.2057	0.2704	0.1376	-0.1178	-0.3176	0.1711	0.1625	-0.3574	-0.0658	0.3741	-0.0728	-0.045	0.2833	0.0252	0.2752	32.4241	23.7216	36.389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 270 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 271 through 384 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 10 through 122 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 123 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 177 through 229 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 230 through 311 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 312 through 384 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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