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- PDB-8s8u: Escherichia coli translation elongation factor P like protein (EfpL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s8u
タイトルEscherichia coli translation elongation factor P like protein (EfpL)
要素Elongation factor P-like protein
キーワードTRANSLATION / EF-P like / YeiP / Polyproline translation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide biosynthetic process / translation elongation factor activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor P-like, YeiP / Translation elongation factor P/YeiP, conserved site / Elongation factor P signature. / Translation elongation factor P/YeiP, central / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P, C-terminal / Translation elongation factor P/YeiP / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P, C-terminal ...Translation elongation factor P-like, YeiP / Translation elongation factor P/YeiP, conserved site / Elongation factor P signature. / Translation elongation factor P/YeiP, central / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P, C-terminal / Translation elongation factor P/YeiP / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P (EF-P) KOW-like domain / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor P-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Dhamotharan, K. / von Ehr, J. / Schlundt, A. / Lassak, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: EF-P and its paralog EfpL (YeiP) differentially control translation of proline-containing sequences.
著者: Sieber, A. / Parr, M. / von Ehr, J. / Dhamotharan, K. / Kielkowski, P. / Brewer, T. / Schapers, A. / Krafczyk, R. / Qi, F. / Schlundt, A. / Frishman, D. / Lassak, J.
履歴
登録2024年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor P-like protein
B: Elongation factor P-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0272
ポリマ－43,0272
非ポリマー00
水1,11762
1
A: Elongation factor P-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5131
ポリマ－21,5131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Elongation factor P-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5131
ポリマ－21,5131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.526, 53.341, 64.76
Angle α, β, γ (deg.)90, 102.74, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor P-like protein


分子量: 21513.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yeiP, b2171, JW5362 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6N8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Sodium-HEPES 20% PEG 8000 10 mM Hexaamminecobalt (III) chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.60832 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60832 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→63.16 Å / Num. obs: 18764 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
9.06-63.165.40.04529.53290.9960.030.0550.9698.6
2.27-2.346217220.8520.40411.1199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
BUSTER2.10.4精密化
PDB-REDO8.06精密化
Coot0.9.8.8モデル構築
BUCCANEER3.5.2モデル構築
Aimless0.7.13データスケーリング
pointless1.12.15データスケーリング
STARANISO2.3.74データスケーリング
autoPROC1.1.7データ削減
MxCuBEv2データ収集
XDSBUILT 20230630データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→59.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU R Cruickshank DPI: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.368 / SU Rfree Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.252
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2747 958 -RANDOM
Rwork0.2457 ---
obs0.2473 18621 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3727 Å20 Å23.6117 Å2
2--4.8399 Å20 Å2
3---2.5329 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→59.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2965 0 0 62 3027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073018HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.894081HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1085SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes510HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3018HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion394SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1986SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.1
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.29 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3348 19 -
Rwork0.3571 --
obs0.3561 397 93.98 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6138-0.61740.79760.2662-0.17611.3331-0.18150.0537-0.20470.05370.1344-0.2489-0.2047-0.24890.04710.16050.0791-0.0044-0.11460.0302-0.084313.7691-0.35926.558
21.69660.66830.14460.5606-0.37020.3213-0.180.0630.03760.0630.1709-0.07930.0376-0.07930.0091-0.0175-0.0205-0.004-0.03840.01070.016320.34451.31390.7316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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