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万見
- PDB-8s8r: An induced-fit motion of a mobile loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s8r
タイトルAn induced-fit motion of a mobile loop
要素Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / imidazole glycerol phosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.196 Å
データ登録者Rajendran, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Conformational Modulation of a Mobile Loop Controls Catalysis in the ( beta alpha ) 8 -Barrel Enzyme of Histidine Biosynthesis HisF.
著者: Hupfeld, E. / Schlee, S. / Wurm, J.P. / Rajendran, C. / Yehorova, D. / Vos, E. / Ravindra Raju, D. / Kamerlin, S.C.L. / Sprangers, R. / Sterner, R.
履歴
登録2024年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8543
ポリマ－27,6641
非ポリマー1902
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.321, 44.206, 63.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-596-

HOH

21D-615-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit HisF / ImGP synthase subunit HisF / IGPS subunit HisF


分子量: 27663.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0C6, imidazole glycerol-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→36.81 Å / Num. obs: 62429 / % possible obs: 96.59 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.02606 / Net I/σ(I): 37.69
反射 シェル解像度: 1.196→35.07 Å / Num. unique obs: 62429 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.196→36 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 2012 3.23 %
Rwork0.1956 --
obs0.196 62308 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.196→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1943 0 10 281 2234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7842680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5881646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.196-1.22590.20361340.21873977X-RAY DIFFRACTION89
1.2259-1.25910.24031310.21544042X-RAY DIFFRACTION92
1.2591-1.29610.23221400.21154126X-RAY DIFFRACTION93
1.2961-1.33790.20911400.2134116X-RAY DIFFRACTION93
1.3379-1.38580.26381340.21584238X-RAY DIFFRACTION95
1.3858-1.44130.2471460.21044246X-RAY DIFFRACTION96
1.4413-1.50690.23011430.19924370X-RAY DIFFRACTION98
1.5069-1.58630.21331440.18964399X-RAY DIFFRACTION99
1.5863-1.68570.21311500.19024395X-RAY DIFFRACTION99
1.6857-1.81580.22081480.19414437X-RAY DIFFRACTION99
1.8158-1.990.19751460.18964426X-RAY DIFFRACTION99
1.9986-2.28770.18391500.18054467X-RAY DIFFRACTION100
2.2877-2.88210.20061550.20564488X-RAY DIFFRACTION100
2.8821-360.20721510.19114569X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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