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万見
- PDB-8s8p: Restriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s8p
タイトルRestriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends
要素
  • ATP-dependent DNA helicase II subunit 1
  • ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
  • DNA-binding protein RAP1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere / NHEJ / Rap1 / Ku / Chromosome / DNA Repair / Mutagenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / donor selection / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / telomeric G-quadruplex DNA binding / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein localization to telomere / Ku70:Ku80 complex ...positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / donor selection / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / telomeric G-quadruplex DNA binding / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / establishment of protein localization to chromatin / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / double-strand break repair via break-induced replication / telomerase RNA binding / recombinational repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / telomeric DNA binding / TFIID-class transcription factor complex binding / subtelomeric heterochromatin formation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Neutrophil degranulation / telomere maintenance / DNA helicase activity / TBP-class protein binding / double-strand break repair via homologous recombination / helicase activity / protein-DNA complex / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear envelope / chromatin organization / histone binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / DNA helicase / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / : / Ku70 / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm ...Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / : / Ku70 / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / BRCT domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / breast cancer carboxy-terminal domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein RAP1 / ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Mattarocci, S. / Baconnais, S. / Roisne-Hamelin, F. / Pobiega, S. / Alibert, O. / Morin, V. / Deshayes, A. / Veaute, X. / Ropars, V. / Mazon, G. ...Mattarocci, S. / Baconnais, S. / Roisne-Hamelin, F. / Pobiega, S. / Alibert, O. / Morin, V. / Deshayes, A. / Veaute, X. / Ropars, V. / Mazon, G. / Busso, D. / Fernandez Varela, P. / Le Cam, E. / Charbonnier, J. / Cuniasse, P. / Marcand, S.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202203014702 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15CE12-0007 DNA-Life フランス
Fondation ARC フランス
La ligue contre le cancer フランス
French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Restriction of Ku translocation protects telomere ends.
著者: Stefano Mattarocci / Sonia Baconnais / Florian Roisné-Hamelin / Sabrina Pobiega / Olivier Alibert / Vincent Morin / Alice Deshayes / Xavier Veaute / Virginie Ropars / Maelenn Chevreuil / ...著者: Stefano Mattarocci / Sonia Baconnais / Florian Roisné-Hamelin / Sabrina Pobiega / Olivier Alibert / Vincent Morin / Alice Deshayes / Xavier Veaute / Virginie Ropars / Maelenn Chevreuil / Johannes Mehringer / Didier Busso / Gerard Mazon / Paloma Fernandez Varela / Éric Le Cam / Jean-Baptiste Charbonnier / Philippe Cuniasse / Stéphane Marcand /
要旨: Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is ...Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is prevented from promoting NHEJ remains unclear, as does the mechanism that allows Ku to coexist with telomere-protective DNA binding proteins, Rap1 in Saccharomyces cerevisiae. Here, we find that Rap1 directly inhibits Ku's NHEJ function at telomeres. A single Rap1 molecule near a double-stand break suppresses NHEJ without displacing Ku in cells. Furthermore, Rap1 and Ku form a complex on short DNA duplexes in vitro. Cryo-EM shows Rap1 blocks Ku's inward translocation on DNA - an essential step for NHEJ at DSBs. Nanopore sequencing of telomere fusions confirms this mechanism protects native telomere ends. These findings uncover a telomere protection mechanism where Rap1 restricts Ku's inward translocation. This switches Ku from a repair-promoting to a protective role preventing NHEJ at telomeres.
履歴
登録2024年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
K: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1
L: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
R: DNA-binding protein RAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,2575
ポリマ－173,2575
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30450 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area75810 Å2
手法PISA

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量: 6244.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')


分子量: 6643.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II subunit Ku70 / High affinity DNA-binding factor subunit 1


分子量: 65531.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YKU70, HDF1, NES24, YMR284W, YM8021.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32807, DNA helicase
#4: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase II subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II subunit Ku80 / High affinity DNA-binding factor subunit 2 / Yeast Ku80


分子量: 66469.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YKU80, HDF2, YMR106C, YM9718.05C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04437, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA-binding protein RAP1 / Repressor/activator site-binding protein / SBF-E / TUF


分子量: 28368.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAP1, GRF1, TUF1, YNL216W, N1310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11938
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary Complex of Ku Rap1 and DNACOMPLEX#3-#4, #2, #1, #50MULTIPLE SOURCES
2ATP-dependent DNA helicase II and DNA-binding protein RAP1COMPLEX#3-#51RECOMBINANT
3Double stranded DNACOMPLEX#2, #11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8 / 詳細: Tris-HCL 10mM, Nacl 50 mM, pH 8.04
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 250 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択
7NAMD2.14モデルフィッティングMDFF protocole
9PHENIX1.21モデル精密化RealSpaceRefinement of the final MDF model
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1544386
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 436644 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial Fitting of the model in the cryo-EM map was achieved using ChimeraX and this structure served as starting point for MDFF refinement (Flexible fitting) using NAMD 2.14.
原子モデル構築詳細: Model build using PDB entries 5Y58 and 3UKG / Source name: Other / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212465
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52317018
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.4451938
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391884
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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