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- PDB-8s88: Crystal structure of human L-lactate Dehydrogenase B protein in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s88
タイトルCrystal structure of human L-lactate Dehydrogenase B protein in complex with NADH, oxamate and fluoxetine
要素L-lactate dehydrogenase B chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex / Fluoxetine
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / NAD+ metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / kinase binding / NAD binding / mitochondrial inner membrane ...L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / NAD+ metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / kinase binding / NAD binding / mitochondrial inner membrane / membrane raft / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-SFX / L-lactate dehydrogenase B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Van Gysel, M. / Wouters, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS) ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human L-lactate Dehydrogenase B protein in complex with NADH, oxamate and fluoxetine
著者: Van Gysel, M. / Wouters, J.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase B chain
B: L-lactate dehydrogenase B chain
C: L-lactate dehydrogenase B chain
D: L-lactate dehydrogenase B chain
E: L-lactate dehydrogenase B chain
F: L-lactate dehydrogenase B chain
G: L-lactate dehydrogenase B chain
H: L-lactate dehydrogenase B chain
I: L-lactate dehydrogenase B chain
J: L-lactate dehydrogenase B chain
K: L-lactate dehydrogenase B chain
L: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,73185
ポリマ－463,22912
非ポリマー15,50173
水24,0861337
1
A: L-lactate dehydrogenase B chain
B: L-lactate dehydrogenase B chain
G: L-lactate dehydrogenase B chain
H: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,79830
ポリマ－154,4104
非ポリマー5,38826
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29700 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area42970 Å2
手法PISA
2
C: L-lactate dehydrogenase B chain
D: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子

F: L-lactate dehydrogenase B chain
I: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,83128
ポリマ－154,4104
非ポリマー5,42124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area30000 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area43350 Å2
手法PISA
3
E: L-lactate dehydrogenase B chain
K: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子

J: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子

L: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,10127
ポリマ－154,4104
非ポリマー4,69223
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area29870 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area42260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.530, 413.960, 85.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase B chain / LDH-B / LDH heart subunit / LDH-H / Renal carcinoma antigen NY-REN-46


分子量: 38602.441 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07195, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 1410分子

#2: 化合物
ChemComp-SFX / (3S)-N-methyl-3-phenyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-1-amine / Fluoxetine / (S)-フルオキセチン


分子量: 309.326 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18F3NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→48.67 Å / Num. obs: 259434 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 34.37 Å2 / CC1/2: 0.956 / CC star: 0.989 / Net I/σ(I): 9.23
反射 シェル解像度: 2.07→2.149 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 25018 / CC1/2: 0.778 / CC star: 0.936

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
MxCuBEデータ収集
Coot0.9.4.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→48.67 Å / SU ML: 0.2983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.4555
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 12943 5 %
Rwork0.2129 245920 -
obs0.2156 258864 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30744 0 1017 1337 33098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008532272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.245343775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00725410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.46824425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.10.39973640.33436892X-RAY DIFFRACTION84.43
2.1-2.120.36474360.31178271X-RAY DIFFRACTION99.6
2.12-2.150.38384320.3098238X-RAY DIFFRACTION99.75
2.15-2.180.3654310.29528174X-RAY DIFFRACTION99.71
2.18-2.20.36474310.29898201X-RAY DIFFRACTION99.76
2.2-2.230.33624340.27598247X-RAY DIFFRACTION99.72
2.23-2.270.33444280.26628163X-RAY DIFFRACTION99.79
2.27-2.30.30874390.25618343X-RAY DIFFRACTION99.68
2.3-2.340.33074280.26648122X-RAY DIFFRACTION99.87
2.34-2.370.33914370.26288303X-RAY DIFFRACTION99.79
2.37-2.420.35134300.26348181X-RAY DIFFRACTION99.93
2.42-2.460.33074350.26518258X-RAY DIFFRACTION99.85
2.46-2.510.33144330.25778206X-RAY DIFFRACTION99.85
2.51-2.560.30454350.2558281X-RAY DIFFRACTION99.7
2.56-2.610.32894300.25878161X-RAY DIFFRACTION99.81
2.61-2.670.32824360.25968277X-RAY DIFFRACTION99.94
2.67-2.740.32374330.25948222X-RAY DIFFRACTION99.99
2.74-2.820.33974330.26348243X-RAY DIFFRACTION99.99
2.82-2.90.2994370.24438301X-RAY DIFFRACTION99.99
2.9-2.990.30974310.23438188X-RAY DIFFRACTION99.97
2.99-3.10.30224340.23938233X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.220.30694350.23188280X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.370.26734350.21918266X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.550.23424370.19258284X-RAY DIFFRACTION99.99
3.55-3.770.2374320.18468219X-RAY DIFFRACTION99.99
3.77-4.060.20784360.17448279X-RAY DIFFRACTION99.99
4.06-4.470.19044360.15388287X-RAY DIFFRACTION100
4.47-5.110.19484330.15548251X-RAY DIFFRACTION99.97
5.11-6.440.22794340.17688247X-RAY DIFFRACTION99.97
6.44-48.670.18314380.16648302X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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