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- PDB-8s85: Crystal structure of JAK1 JH1 domain in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s85
タイトルCrystal structure of JAK1 JH1 domain in complex with an inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase JAK1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / JAK1 / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / protein localization to cell-cell junction / interleukin-10-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway ...type III interferon-mediated signaling pathway / protein localization to cell-cell junction / interleukin-10-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / growth hormone receptor binding / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / IFNG signaling activates MAPKs / MAPK3 (ERK1) activation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Interleukin receptor SHC signaling / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Interleukin-7 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic side of plasma membrane / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / receptor complex / endosome / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / response to antibiotic / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tyrosine-protein kinase JAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Flower, T.F. / Lopez-Ramos, M. / Geney, R. / Jestel, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Design of a potent and selective dual JAK1/TYK2 inhibitor.
著者: Mammoliti, O. / Menet, C. / Cottereaux, C. / Blanc, J. / De Blieck, A. / Coti, G. / Geney, R. / Oste, L. / Ostyn, K. / Palisse, A. / Quinton, E. / Schmitt, B. / Borgonovi, M. / Parent, I. / ...著者: Mammoliti, O. / Menet, C. / Cottereaux, C. / Blanc, J. / De Blieck, A. / Coti, G. / Geney, R. / Oste, L. / Ostyn, K. / Palisse, A. / Quinton, E. / Schmitt, B. / Borgonovi, M. / Parent, I. / Jagerschmidt, C. / De Vos, S. / Vayssiere, B. / Lopez-Ramos, M. / Shoji, K. / Brys, R. / Amantini, D. / Galien, R. / Joannesse, C.
履歴
登録2024年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0957
ポリマ－69,4932
非ポリマー6025
水7,891438
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0825
ポリマ－34,7471
非ポリマー3354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0132
ポリマ－34,7471
非ポリマー2661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.038, 174.030, 44.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 34746.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK1, JAK1A, JAK1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1H5R / ~{N}-(2-ethylphenyl)-~{N},1-dimethyl-imidazo[4,5-c]pyridin-6-amine


分子量: 266.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5-6 and 25-35% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→87.01 Å / Num. obs: 60553 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rrim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.82 Å / Num. unique obs: 6840 / Rrim(I) all: 0.657 / Rsym value: 0.547

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→87.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.095 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 2941 4.6 %RANDOM
Rwork0.20791 ---
obs0.20988 60553 96.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20.31 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→87.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4682 0 43 438 5163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9886461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28539983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0835590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92524.307202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2915831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5341523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.24109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.22302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0690.22470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.92922927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.48421184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84734726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03541898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.58161735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 191 -
Rwork0.296 4327 -
obs--92.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 esd (°2)L12 esd (°2)L13 esd (°2)L22 esd (°2)L23 esd (°2)L33 esd (°2)S11 esd (Å °)S12 esd (Å °)S13 esd (Å °)S21 esd (Å °)S22 esd (Å °)S23 esd (Å °)S31 esd (Å °)S32 esd (Å °)S33 esd (Å °)T11 (Å2)T11 esd (Å2)T12 esd (Å2)T13 esd (Å2)T22 esd (Å2)T23 esd (Å2)T33 esd (Å2)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8108-0.55111.48430.7998-1.31045.04250.11690.1604-0.4708-0.21250.06650.15390.2698-0.0462-0.1833-2.5090.0997-0.0166-0.00770.0815-0.04750.1415-3.1959.39
25.0861-0.0281.0751.7646-0.33511.9580.1034-0.2643-0.9130.15450.07110.03180.1421-0.0603-0.174616.3650.1031-0.00560.00030.06140.04280.184212.77851.395
34.38480.4968-0.71051.7570.38975.3949-0.09020.22760.1437-0.35440.0935-0.2291-0.16920.1074-0.0034-2.7490.1152-0.02190.03170.0654-0.00160.04624.7432.945
45.80911.6121-1.21233.05740.06261.78170.3396-0.64591.09080.3049-0.14790.5443-0.19710.112-0.191616.1230.131-0.04540.07230.1436-0.11230.2298.57510.139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A867 - 959
2X-RAY DIFFRACTION2A961 - 2000
3X-RAY DIFFRACTION3B867 - 959
4X-RAY DIFFRACTION4B961 - 2000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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