PDB-8s7l: Crystal structure of a double mutant of VirB8-like OrfG central a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s7l

タイトル

Crystal structure of a double mutant of VirB8-like OrfG central and C-terminal domains of Streptococcus thermophilus ICESt3 (Gram positive conjugative type IV secretion system).

要素

Putative transfer protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / VirB8 / Gram-positive / T4SS

機能・相同性

Conjugative transposon protein TcpC / TcpC, C-terminal / Conjugative transposon protein TcpC / membrane / Putative transfer protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Favier, F. / Didierjean, C. / Maffo-Woulefack, R. / Douzi, B. / Leblond-Bourget, N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Elucidating assembly and function of VirB8 cell wall subunits refines the DNA translocation model in Gram-positive T4SSs.
著者: Maffo-Woulefack, R. / Ali, A.M. / Laroussi, H. / Cappele, J. / Romero-Saavedra, F. / Ramia, N. / Robert, E. / Mathiot, S. / Soler, N. / Roussel, Y. / Fronzes, R. / Huebner, J. / Didierjean, C. ...

履歴

登録	2024年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s7l.cif.gz	284.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s7l.ent.gz	229.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/8s7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/8s7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pkwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transfer protein

B: Putative transfer protein

C: Putative transfer protein

92.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking, trimer observed in the crystal structure of the wild-type, assembly confirmed by cross-linking (via cysteine residues) in vitro and in vivo.

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.743, 89.185, 98.424
Angle α, β, γ (deg.)	90, 112.314, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative transfer protein 分子量: 30948.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) プラスミド: PLYSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70CA4
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Droplet: 0.3 ul [protein (33mg/ml) in 50 mM Tris pH 8.0 + 100 mM NaCl] + 0.3 ul [reservoir] Reservoir: 50 ul [40% v/v PEG 300, 100 mM potassium phosphate citrate, pH 4.2]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→91.054 Å / Num. obs: 37215 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 50.28 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4577 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.653 / R_rim(I) all: 0.933 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
pointless	1.12.15	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→91.054 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 11.501 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	1819	4.888 %
R_work	0.2017	35392	-
all	0.204	-	-
obs	-	37211	98.564 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.736 Å²	-0 Å²	-1.259 Å²
2-	-	0.313 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.585 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→91.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5912	0	0	0	5912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	6054
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5497
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.001	0.01	13924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.562	1.838	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	1.774	12692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.758	5	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.183	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.808	10	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.479	10	321
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	998
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.1	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.727	8.299	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.725	8.301	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.904	14.922	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.904	14.923	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.387	8.921	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.385	8.921	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.375	16.025	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.374	16.025	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.484	122.032	16651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.484	122.032	16652

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.668	0.371	148	0.343	2617	0.345	2769	0.91	0.925	99.8555	0.333
2.668-2.741	0.373	122	0.314	2565	0.317	2695	0.909	0.937	99.7032	0.299
2.741-2.82	0.349	143	0.292	2485	0.295	2636	0.93	0.949	99.6965	0.27
2.82-2.907	0.3	116	0.264	2422	0.266	2544	0.941	0.959	99.7642	0.246
2.907-3.002	0.34	123	0.266	2358	0.27	2492	0.919	0.958	99.5586	0.247
3.002-3.107	0.304	110	0.253	2262	0.256	2380	0.946	0.962	99.6639	0.234
3.107-3.224	0.326	113	0.251	2190	0.254	2311	0.939	0.963	99.6538	0.234
3.224-3.356	0.316	108	0.232	2091	0.235	2237	0.939	0.97	98.3013	0.217
3.356-3.505	0.277	101	0.218	2017	0.22	2163	0.946	0.974	97.9196	0.207
3.505-3.676	0.243	111	0.211	1866	0.212	2045	0.961	0.977	96.6748	0.202
3.676-3.874	0.24	93	0.188	1752	0.19	1942	0.962	0.979	95.0051	0.179
3.874-4.109	0.254	79	0.174	1650	0.177	1842	0.964	0.983	93.8654	0.171
4.109-4.392	0.23	79	0.157	1647	0.16	1741	0.97	0.985	99.1384	0.153
4.392-4.743	0.206	86	0.145	1528	0.148	1624	0.976	0.988	99.3842	0.146
4.743-5.194	0.172	78	0.143	1403	0.144	1500	0.979	0.989	98.7333	0.144
5.194-5.804	0.174	51	0.15	1276	0.151	1346	0.981	0.987	98.5884	0.15
5.804-6.698	0.253	56	0.169	1129	0.173	1199	0.964	0.984	98.8324	0.169
6.698-8.192	0.283	46	0.189	961	0.192	1025	0.956	0.978	98.2439	0.191
8.192-11.539	0.209	29	0.175	742	0.176	792	0.973	0.983	97.3485	0.181
11.539-91.054	0.26	27	0.319	430	0.315	469	0.931	0.91	97.4414	0.518

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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