PDB-8s79: Lotus japonicus NFR5 intracellular domain in complex with Nanobody 200

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s79

タイトル

Lotus japonicus NFR5 intracellular domain in complex with Nanobody 200

要素

Nanobody 200
Nod-factor receptor 5

キーワード

PLANT PROTEIN / Receptor kinase / protein kinase / pseudokinase / nanobody / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lotus japonicus (エボシグサ)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Hansen, S.B. / Gysel, K. / Andersen, K.R.

資金援助

デンマーク,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Danish Council for Independent Research	9040-00175B	デンマーク
Danish Council for Independent Research	3103-00137B	デンマーク
Bill & Melinda Gates Foundation	INV-57461	米国
Bill & Melinda Gates Foundation	INV-55767	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A conserved juxtamembrane motif in plant NFR5 receptors is essential for root nodule symbiosis.
著者: Hansen, S.B. / Luu, T.B. / Gysel, K. / Lironi, D. / Kronauer, C. / Rubsam, H. / Jensen, I.B. / Tsitsikli, M. / Birkefeldt, T.G. / Trgovcevic, A. / Stougaard, J. / Radutoiu, S. / Andersen, K.R.

履歴

登録	2024年2月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s79.cif.gz	391.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s79.ent.gz	269.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/8s79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/8s79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#211 - 2017年7月
線毛機械 (Pilus Machine)
類似性 (3)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nod-factor receptor 5

B: Nod-factor receptor 5

C: Nanobody 200

D: Nanobody 200

ヘテロ分子

93 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nod-factor receptor 5

D: Nanobody 200

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Isolation of stable 1:1 Nb200 NFR5 complex, chains A, C, surface plasmon resonance, Biolayer interferometry
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nod-factor receptor 5

C: Nanobody 200

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Isolation of stable 1:1 Nb200 NFR5 complex chains B,D, surface plasmon resonance, Biolayer interferometry
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.755, 126.755, 137.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-725- HOH

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Nod-factor receptor 5 分子量: 32175.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: nfr5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta II / 参照: UniProt: Q70KR1
#2: 抗体	Nanobody 200 分子量: 13703.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 122分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→46.66 Å / Num. obs: 32844 / % possible obs: 56.4 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 65.25 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.29→2.58 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.11 / Num. unique obs: 1642 / CC_1/2: 0.58 / R_rim(I) all: 1.486

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→41.49 Å / SU ML: 0.2827 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.2205
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2305	1740	5.3 %
R_work	0.1957	31100	-
obs	0.1976	32840	56.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→41.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6008	0	83	105	6196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	6227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6735	8399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	933
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.9401	2292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.35	0.4441	1	0.5334	108	X-RAY DIFFRACTION	2.28
2.35-2.43	0.4576	12	0.5035	369	X-RAY DIFFRACTION	7.99
2.43-2.52	0.5577	44	0.436	558	X-RAY DIFFRACTION	12.61
2.52-2.62	0.4109	49	0.4035	835	X-RAY DIFFRACTION	18.49
2.62-2.74	0.3321	54	0.344	1182	X-RAY DIFFRACTION	25.81
2.74-2.88	0.3509	101	0.3231	1830	X-RAY DIFFRACTION	39.68
2.88-3.06	0.3444	175	0.2959	3011	X-RAY DIFFRACTION	66.43
3.06-3.3	0.3133	259	0.2762	4539	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.3-3.63	0.2727	252	0.2175	4592	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.63-4.15	0.228	260	0.1785	4612	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.15-5.23	0.1774	257	0.151	4667	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.23-41.49	0.1987	276	0.1727	4797	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.97476147524	-1.71110390758	-2.17449102312	0.722419252247	0.871715636505	1.46412525493	-0.305023318826	-0.102760438649	0.685436806857	-0.0604012487853	-0.22450703656	0.929464008482	-1.34446426858	-0.818132551	-0.624997610621	0.712173303065	0.232046470107	0.121187079555	0.485438500971	-0.0770032667866	0.714687670219	24.4543709029	41.3085364369	13.2338604511
2	1.40592038275	-0.849619565633	-1.94349064099	6.14003040735	2.65458053474	3.37998251216	-0.584916945094	-0.802847412617	-0.698553174737	1.14453432411	0.221139702104	0.433255405464	0.505886395455	-0.515590347668	0.585942529936	0.974636073835	0.142478237345	0.360840131192	0.837360682105	0.15510824196	0.631393428616	7.06700194066	39.5173265601	29.7678068774
3	1.28169637215	-0.472041009897	-0.244598827424	3.73594940327	1.01887120153	2.92847009942	-0.272238859585	-0.157096502287	-0.353121772395	0.64825764966	-0.0419276294137	-0.0824529031462	0.140180160693	-0.0975110826332	0.290869105066	0.547993552852	0.141446629695	0.101924318006	0.420957243284	0.0452474019669	0.267643763634	8.97389394295	55.9425239654	21.9969382019
4	3.18694557029	-1.0476174209	-0.427167346055	4.11676880251	2.00172203276	5.88346650252	0.0433684047168	0.0625406004092	0.39204817028	0.357033972934	-0.107384176313	0.361896694852	-0.763795806926	-1.01815473348	0.158509585598	0.684071967066	0.2207260465	0.0605921657722	0.433426937254	0.0129703995092	0.27271580578	0.733357974799	75.5297330359	20.5181704451
5	8.53624308742	1.39849982022	-1.3401636343	4.58850446717	-0.640264244277	3.30875859737	-0.18006846542	0.963659605245	-0.322445542231	0.212028299143	-0.0235727041003	2.11424495816	0.732273501644	-1.84490354267	0.111493532072	1.03166692988	-0.46333091126	0.232157774469	1.33067867176	-0.148307212986	1.5871945424	-10.4919676629	18.4965552034	-1.01672452225
6	5.29496193442	3.67234359445	-0.187534082761	5.63752667515	-2.69091177685	3.60967311469	0.111573250742	-0.76681707675	-0.0675775578899	0.940426146757	0.178628732258	2.24111941204	-0.230800737937	-1.98900336046	-0.172529650366	0.508327489233	-0.0832731919647	0.25065026322	0.922048452347	-0.0756865299918	0.857507597694	-5.79356162204	40.5270384898	1.94811629787
7	3.46001694497	-0.415716779167	-0.184143299863	4.17131003139	-2.02596347713	3.828745815	-0.022755496548	0.334356096682	-0.75969895507	-0.221320377706	0.0242965125037	0.722762017895	0.543289776309	-0.429901495981	-0.0244260491491	0.178662571552	-0.110855992564	0.07062750238	0.458971383734	-0.147169631046	0.402105549788	4.64080999168	35.165913486	-10.1361683532
8	2.70231562532	-1.39737449443	0.259404132246	5.74760637217	-0.532501085877	3.3556893158	-0.220460809325	0.0740400964808	-0.105661536726	0.230809812656	0.000515674983839	-0.307444630189	-0.141141933322	0.187626010093	0.181523621118	0.20821708223	-0.047730091142	0.0625935353246	0.459099066661	-0.0494773425165	0.297418735529	12.2619675479	46.9456872942	-9.11574239176
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17	4.93278871421	2.67495535863	-0.954588186587	9.9309118071	-6.55778246538	9.35314619416	0.322450670785	2.37384758744	-0.730344164501	-0.560455247225	1.44749119882	0.401196935237	1.03765465144	-1.09217210933	-0.669267386016	1.11469971976	0.147260305955	-0.12217803499	2.46639972625	-0.268958002885	0.417942202452	-19.2569978265	72.4974700918	-2.25335823214
18	5.51876550954	-4.8880280305	1.30648364389	4.90685226471	-3.11562223123	7.60705104758	0.919227728123	0.36990244336	2.41047571933	0.561063336539	0.156882832243	0.389801380112	-0.798154885246	-0.416864639888	-0.807310114814	1.83490538627	0.324291758945	0.480208041036	1.27651695151	0.256183028266	1.15061944072	-12.2484950722	90.847041637	9.15293327444
19	7.71091958433	5.18487684801	-2.44948800576	3.84258267405	-1.08825848228	3.20738194611	0.598866763026	0.301121488228	1.32740094712	1.20198700333	-0.133342270183	1.62498016644	0.266877779037	-1.2665451823	-0.892170513424	0.706808503755	0.215270623938	0.448825146908	2.59055294102	-0.260337889893	1.00728302449	-25.0230270949	73.1240105122	11.5629848579
20	7.61862959682	0.83292950769	-0.942106892687	6.01312114769	1.58567562577	2.75289221633	0.0527352144407	0.203031787812	-0.0199815824903	0.278510049312	-0.145590886819	0.30939862997	0.13270887986	-1.9361818878	0.143700230172	0.894160565533	0.149715973544	0.0423030203029	1.30645448268	-0.226749058172	0.432691165425	-11.4712089015	73.1773045163	8.28627559163
21	2.00849118797	-1.71467749503	2.82609690306	1.88458536919	1.80932196821	5.0046570414	-0.793024702688	1.0092350262	0.922540648668	-0.331461167381	-0.672119602729	0.55147242586	-1.25396662233	-2.34440703185	-0.131003005982	1.0328241948	0.545631122752	0.110777459411	2.06842177806	0.190168577406	0.723118801489	-13.5729617671	80.1442793422	-0.186298858459
22	7.75611877844	2.93312479443	1.24588404982	1.14635144387	0.440168859611	0.227454334693	0.435154046275	-0.258332023002	-0.0250706268738	0.49688482248	0.221730828313	0.898593663432	0.14931364742	-0.843875377331	-1.30846805613	1.10067081901	-0.680766300446	0.0429100029448	2.33138435229	-0.042835918905	1.27781836717	-21.9742508186	62.6651624153	3.05385761665
23	3.71262984966	-1.45026675388	1.7165272601	8.33247875955	4.31064904808	4.04767591872	-0.68681732231	0.938174599596	0.443406951359	1.08744482488	0.991116469698	1.17491474202	-0.769881427466	-1.25594580495	-0.536665021554	1.41308988531	0.470265471404	0.262434300197	2.2748001866	-0.0174857577501	0.969897478824	-24.1695511721	77.2446420544	7.52363444452

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 280 through 299 )	A	A	280 - 299	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 300 through 342 )	A	A	300 - 342	21 - 63
3	3	chain 'A' and (resid 343 through 462 )	A	A	343 - 462	64 - 183
4	4	chain 'A' and (resid 463 through 563 )	A	A	463 - 563	184 - 284
5	5	chain 'B' and (resid 300 through 380 )	B	G	300 - 380	1 - 79
6	6	chain 'B' and (resid 381 through 403 )	B	G	381 - 403	80 - 100
7	7	chain 'B' and (resid 404 through 505 )	B	G	404 - 505	101 - 202
8	8	chain 'B' and (resid 506 through 563 )	B	G	506 - 563	203 - 260
9	9	chain 'C' and (resid 3 through 24 )	C	I	3 - 24	1 - 22
10	10	chain 'C' and (resid 25 through 34 )	C	I	25 - 34	23 - 32
11	11	chain 'C' and (resid 35 through 68 )	C	I	35 - 68	33 - 66
12	12	chain 'C' and (resid 69 through 78 )	C	I	69 - 78	67 - 76
13	13	chain 'C' and (resid 79 through 92 )	C	I	79 - 92	77 - 90
14	14	chain 'C' and (resid 93 through 109 )	C	I	93 - 109	91 - 107
15	15	chain 'C' and (resid 110 through 116 )	C	I	110 - 116	108 - 114
16	16	chain 'D' and (resid 5 through 14 )	D	J	5 - 14	1 - 10
17	17	chain 'D' and (resid 15 through 24 )	D	J	15 - 24	11 - 20
18	18	chain 'D' and (resid 25 through 34 )	D	J	25 - 34	21 - 28
19	19	chain 'D' and (resid 35 through 46 )	D	J	35 - 46	29 - 40
20	20	chain 'D' and (resid 47 through 74 )	D	J	47 - 74	41 - 68
21	21	chain 'D' and (resid 75 through 84 )	D	J	75 - 84	69 - 78
22	22	chain 'D' and (resid 85 through 92 )	D	J	85 - 92	79 - 86
23	23	chain 'D' and (resid 93 through 116 )	D	J	93 - 116	87 - 110

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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