PDB-8s71: Oxidoreductase B from Phytophthora sojae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s71

タイトル

Oxidoreductase B from Phytophthora sojae

要素

Mucin-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LPMO / Phytopathogen / Phytophthora sojae

機能・相同性

COPPER (II) ION / Mucin-like protein

機能・相同性情報

生物種

Phytophthora sojae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Banerjee, S. / Turella, S. / Morth, J.P. / Abou Hachem, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Enzymatic oxidation of galacturonides from pectin breakdown contributes to stealth infection by Oomycota phytopathogens.
著者: Turella, S. / He, C. / Zhao, L. / Banerjee, S. / Plouhinec, L. / Assiah Yao, R. / Norgaard Kejlstrup, M.C. / Grisel, S. / So, Y. / Annic, B. / Fanuel, M. / Haddad Momeni, M. / Bissaro, B. / ...

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s71.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s71.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/8s71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/8s71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s6gC 8s6sC 9ffeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mucin-like protein

B: Mucin-like protein

ヘテロ分子

41.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.067, 106.897, 44.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.099, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mucin-like protein / LPMO isoform B protein 分子量: 20725.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LPMO isoform B protein / 由来: (組換発現) Phytophthora sojae (真核生物) / 遺伝子: PHYSODRAFT_485524 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4YSM7
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→53.42 Å / Num. obs: 26881 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 1356 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
xia2		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→53.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 5.871 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2322	1027	4.788 %
R_work	0.168	20421	-
all	0.171	-	-
obs	-	21448	99.204 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.595 Å²	0 Å²	-0.096 Å²
2-	-	-1.553 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.745 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→53.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2710	0	2	253	2965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.658	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.474	1.594	5899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.155	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.319	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.988	10	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.725	10	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.395	2.698	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.378	2.697	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.449	4.83	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.45	4.833	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.431	3.007	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.431	3.009	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.4	5.341	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.399	5.343	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.196	33.66	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.153	32.214	3318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.253	64	0.224	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.9379
2.103-2.161	0.236	89	0.214	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.161-2.223	0.249	91	0.206	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.292	0.298	73	0.205	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.367	0.242	53	0.191	1390	X-RAY DIFFRACTION	99.6547
2.367-2.449	0.229	64	0.178	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.703
2.449-2.542	0.297	69	0.173	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.6269
2.542-2.645	0.276	54	0.175	1216	X-RAY DIFFRACTION	98.6791
2.645-2.763	0.228	61	0.16	1134	X-RAY DIFFRACTION	99.335
2.763-2.897	0.238	62	0.156	1114	X-RAY DIFFRACTION	98.7406
2.897-3.053	0.266	37	0.174	1063	X-RAY DIFFRACTION	99.0991
3.053-3.238	0.199	49	0.172	975	X-RAY DIFFRACTION	97.431
3.238-3.46	0.251	51	0.162	849	X-RAY DIFFRACTION	91.9305
3.46-3.736	0.229	42	0.154	899	X-RAY DIFFRACTION	99.8938
3.736-4.091	0.223	45	0.15	807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.091-4.57	0.137	29	0.122	744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-5.271	0.16	32	0.131	641	X-RAY DIFFRACTION	100
5.271-6.44	0.248	27	0.155	569	X-RAY DIFFRACTION	100
6.44-9.042	0.194	29	0.187	422	X-RAY DIFFRACTION	100
9.042-53.42	0.41	6	0.222	254	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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