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- PDB-8s6u: Structure of MLLE domain of Pab1 in complex with PAM2 of Upa1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s6u
タイトルStructure of MLLE domain of Pab1 in complex with PAM2 of Upa1
要素
  • FYVE zinc finger domain protein UPA1
  • Polyadenylate-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA transport
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) binding / poly(U) RNA binding / mRNA transport / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / transferase activity / cytoskeleton / endosome / ribonucleoprotein complex ...poly(A) binding / poly(U) RNA binding / mRNA transport / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / transferase activity / cytoskeleton / endosome / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeats (many copies) / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. ...: / Ankyrin repeats (many copies) / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Ring finger domain / Ring finger / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ankyrin repeats (3 copies) / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FYVE zinc finger domain protein UPA1 / Polyadenylate-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ustilago maydis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Devan, S. / Shanmugasundaram, S. / Muentjes, K. / Smits, S.H. / Altegoer, F. / Feldbruegge, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)417919780 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Deciphering the RNA-binding protein network during endosomal mRNA transport.
著者: Devan, S.K. / Shanmugasundaram, S. / Muntjes, K. / Postma, J. / Smits, S.H.J. / Altegoer, F. / Feldbrugge, M.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyadenylate-binding protein 1
Q: Polyadenylate-binding protein 1
C: FYVE zinc finger domain protein UPA1
D: FYVE zinc finger domain protein UPA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2874
ポリマ－18,2874
非ポリマー00
水1,53185
1
A: Polyadenylate-binding protein 1
C: FYVE zinc finger domain protein UPA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1432
ポリマ－9,1432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5390 Å2
手法PISA
2
Q: Polyadenylate-binding protein 1
D: FYVE zinc finger domain protein UPA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1432
ポリマ－9,1432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.093, 47.608, 45.452
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Polyadenylate-binding protein 1 / PABP / RNA-binding protein RRM12


分子量: 7563.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 遺伝子: PAB1, RRM12, UMAG_03494 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4P8R9
#2: タンパク質・ペプチド FYVE zinc finger domain protein UPA1 / PAM2 domain-containing protein UPA1


分子量: 1579.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ustilago maydis (菌類) / 参照: UniProt: A0A0D1E015
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium HEPES pH 7.5, 25% PEG 3000 / PH範囲: ^

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885603 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885603 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.26 Å / Num. obs: 11069 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.21
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 953 / CC1/2: 0.993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv17.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 --
Rwork0.2 --
obs-11055 99.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 37.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 0 0 85 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80711718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0415203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8203494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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