PDB-8s6s: Oxidoreductase from Phytophthora sojae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s6s

タイトル

Oxidoreductase from Phytophthora sojae

要素

Mucin-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LPMO / AA17 / Phytophthora sojae / phytopathogen

機能・相同性

COPPER (II) ION / Mucin-like protein

機能・相同性情報

生物種

Phytophthora sojae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.789 Å

データ登録者

Banerjee, S. / Turella, S. / Morth, J.P. / Abou Hachem, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Enzymatic oxidation of galacturonides from pectin breakdown contributes to stealth infection by Oomycota phytopathogens.
著者: Turella, S. / He, C. / Zhao, L. / Banerjee, S. / Plouhinec, L. / Assiah Yao, R. / Norgaard Kejlstrup, M.C. / Grisel, S. / So, Y. / Annic, B. / Fanuel, M. / Haddad Momeni, M. / Bissaro, B. / ...

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s6s.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s6s.ent.gz	68.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s6gC 8s71C 9ffeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mucin-like protein

B: Mucin-like protein

ヘテロ分子

41.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.267, 73.129, 116.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Mucin-like protein 分子量: 20307.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora sojae (真核生物) / 遺伝子: PHYSODRAFT_483955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4YSM3

-
非ポリマー , 5種, 373分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.789→61.925 Å / Num. obs: 38093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.789→1.82 Å / Num. unique obs: 1838 / CC_1/2: 0.829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
AutoProcess		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.789→61.925 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.318 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2023	1905	5.001 %
R_work	0.1608	36188	-
all	0.163	-	-
obs	-	38093	99.974 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.585 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.746 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.326 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.789→61.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2686	0	26	366	3078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.658	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.558	1.594	5963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.218	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.984	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.028	10	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.198	10	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.055	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.102	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.893	2.747	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.893	2.748	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.144	4.911	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.144	4.915	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.634	3.188	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.591	3.169	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.111	5.565	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.072	5.532	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.645	29.984	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.637	29.526	3286

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.789-1.835	0.276	125	0.228	2630	0.23	2755	0.95	0.963	100	0.216
1.835-1.885	0.203	140	0.197	2566	0.197	2707	0.969	0.972	99.9631	0.181
1.885-1.94	0.218	124	0.181	2503	0.183	2627	0.969	0.977	100	0.163
1.94-2	0.205	161	0.169	2390	0.171	2551	0.974	0.982	100	0.151
2-2.065	0.199	137	0.16	2347	0.162	2484	0.974	0.984	100	0.141
2.065-2.138	0.203	113	0.163	2277	0.165	2390	0.967	0.983	100	0.145
2.138-2.218	0.236	119	0.159	2239	0.162	2358	0.966	0.984	100	0.141
2.218-2.309	0.197	100	0.154	2123	0.156	2224	0.976	0.985	99.955	0.136
2.309-2.411	0.21	108	0.147	2059	0.15	2168	0.973	0.987	99.9539	0.131
2.411-2.529	0.188	90	0.138	1940	0.14	2030	0.981	0.989	100	0.122
2.529-2.665	0.21	109	0.147	1872	0.15	1981	0.977	0.987	100	0.134
2.665-2.827	0.223	101	0.162	1752	0.165	1854	0.969	0.984	99.9461	0.151
2.827-3.021	0.222	87	0.175	1683	0.177	1771	0.97	0.981	99.9435	0.168
3.021-3.263	0.225	70	0.183	1579	0.185	1649	0.974	0.982	100	0.18
3.263-3.573	0.179	73	0.17	1443	0.17	1516	0.982	0.985	100	0.17
3.573-3.993	0.171	62	0.146	1313	0.147	1376	0.982	0.989	99.9273	0.152
3.993-4.608	0.149	66	0.128	1183	0.129	1251	0.987	0.991	99.8401	0.141
4.608-5.636	0.22	51	0.142	1005	0.145	1056	0.978	0.99	100	0.161
5.636-7.937	0.196	47	0.177	798	0.178	845	0.977	0.985	100	0.198
7.937-61.925	0.294	22	0.202	486	0.205	510	0.927	0.971	99.6078	0.243

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