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- PDB-8s6o: Structure of MLLE3 domain of Rrm4 in complex with PAM2L2 of Upa1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s6o
タイトルStructure of MLLE3 domain of Rrm4 in complex with PAM2L2 of Upa1
要素
  • PAMPL2
  • RNA-binding protein RRM4
キーワードRNA / RNA transport Ustilago maydis
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) binding / poly(U) RNA binding / mRNA transport / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / cytoskeleton / endosome / ribonucleoprotein complex / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein RRM4
類似検索 - 構成要素
生物種Ustilago maydis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Devan, S. / Shanmugasundaram, S. / Muentjes, K. / Smits, S.H. / Altegoer, F. / Feldbruegge, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)417919780 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Deciphering the RNA-binding protein network during endosomal mRNA transport.
著者: Devan, S.K. / Shanmugasundaram, S. / Muntjes, K. / Postma, J. / Smits, S.H.J. / Altegoer, F. / Feldbrugge, M.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: RNA-binding protein RRM4
H: PAMPL2
A: RNA-binding protein RRM4
B: PAMPL2
C: RNA-binding protein RRM4
E: PAMPL2
F: RNA-binding protein RRM4
G: PAMPL2
I: RNA-binding protein RRM4
J: PAMPL2
K: RNA-binding protein RRM4
L: PAMPL2
M: RNA-binding protein RRM4
N: PAMPL2
O: RNA-binding protein RRM4
P: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,61216
ポリマ－121,61216
非ポリマー00
水59433
1
D: RNA-binding protein RRM4
H: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
2
A: RNA-binding protein RRM4
B: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6570 Å2
手法PISA
3
C: RNA-binding protein RRM4
E: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6830 Å2
手法PISA
4
F: RNA-binding protein RRM4
G: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6770 Å2
手法PISA
5
I: RNA-binding protein RRM4
J: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
6
K: RNA-binding protein RRM4
L: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6670 Å2
手法PISA
7
M: RNA-binding protein RRM4
N: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6700 Å2
手法PISA
8
O: RNA-binding protein RRM4
P: PAMPL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2012
ポリマ－15,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.881, 74.633, 168.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein RRM4


分子量: 14418.616 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 遺伝子: RRM4, UMAG_10836 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1DWZ5
#2: タンパク質・ペプチド
PAMPL2


分子量: 782.837 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ustilago maydis (菌類)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES pH 7.5, 25% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→56.17 Å / Num. obs: 39386 / % possible obs: 97.17 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 3912 / CC1/2: 0.581

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→56.17 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 --
Rwork0.2399 --
obs-39281 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 65.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→56.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7424 0 0 33 7457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02487544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.341110176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08581192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01311304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0052832

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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