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- PDB-8s6j: NavMs in complex with riluzole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s6j
タイトルNavMs in complex with riluzole
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage-Gated Sodium Channel
機能・相同性Voltage-gated cation channel calcium and sodium / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine / Chem-PG6 / Ion transport protein
機能・相同性情報
生物種Magnetococcus marinus MC-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hollingworth, D. / Sula, A. / Mykhaylyk, V. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BSB51 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the rescue of hyperexcitable cells by the amyotrophic lateral sclerosis drug Riluzole.
著者: Hollingworth, D. / Thomas, F. / Page, D.A. / Fouda, M.A. / De Castro, R.L. / Sula, A. / Mykhaylyk, V.B. / Kelly, G. / Ulmschneider, M.B. / Ruben, P.C. / Wallace, B.A.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2069
ポリマ－31,1861
非ポリマー1,0208
水50428
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,82236
ポリマ－124,7434
非ポリマー4,08032
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area22620 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area50330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.17, 109.17, 208.925
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

21A-302-

NA

31A-303-

NA

41A-409-

HOH

51A-415-

HOH

-
要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 31185.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus MC-1 (バクテリア)
遺伝子: Mmc1_0798 / 詳細 (発現宿主): pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0L5S6

-
非ポリマー , 6種, 36分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-657 / 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine / Riluzole


分子量: 234.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H5F3N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 35%vPEG 300 100mM HEPES 100mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.755 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→96.944 Å / Num. obs: 34745 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 2.63
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 7.7 % / Num. unique obs: 2799 / CC1/2: 0.972 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→96.757 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.221 / SU B: 4.16 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.955 / Average fsc work: 0.9608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1749 5.035 %
Rwork0.229 32987 -
all0.23 --
obs-34736 99.997 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 67.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.061 Å2-0 Å20 Å2
2--0.061 Å2-0 Å2
3----0.122 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→96.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2022 0 64 28 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1781.8092893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8885259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.272517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3910370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.0461082
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1890.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2370.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.0966.5471024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.06611.6851278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.226.9921111
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.59312.6481612
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.68268.353251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
2.15-2.2060.3141420.32323930.32325350.9270.9170.264
2.206-2.2660.3071120.29423400.29524520.930.9350.255
2.266-2.3320.3031200.27622620.27723820.9350.9430.233
2.332-2.4040.2961330.26122150.26323480.9380.9520.227
2.404-2.4830.2571350.23421290.23522640.9560.9640.193
2.483-2.570.235980.22420710.22521690.9630.9680.18
2.57-2.6670.2541000.21820180.2221180.9630.9710.187
2.667-2.7750.227920.20719620.20820540.9670.9730.18
2.775-2.8990.251070.20418530.20719600.9650.9750.184
2.899-3.040.228980.21517700.21618680.9690.9710.197
3.04-3.2040.232810.21417170.21517980.9670.9710.201
3.204-3.3980.228790.22516170.22516960.9710.9680.214
3.398-3.6330.234760.21115320.21216080.9680.9750.206
3.633-3.9230.251920.21414110.21715030.9590.9730.216
3.923-4.2970.221720.21713130.21713850.9670.9730.221
4.297-4.8030.204460.19712240.19712700.9740.9790.208
4.803-5.5440.213590.20310480.20311070.970.9770.215
5.544-6.7840.253430.2449320.2449750.9620.9680.257
6.784-9.5710.205430.2177250.2167680.980.9760.242
9.571-96.7570.347210.3254550.3264760.8750.8970.352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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