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万見
- PDB-8s6i: Crystal structure of the human CDKL2 kinase domain with Compound 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s6i
タイトルCrystal structure of the human CDKL2 kinase domain with Compound 9
要素Cyclin-dependent kinase-like 2
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding ...sex differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclin-dependent kinase-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Chen, X. / Ni, X. / Brooke, L. / Bullock, A.N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Discovery and Characterization of a Chemical Probe for Cyclin-Dependent Kinase-Like 2.
著者: Bashore, F.M. / Min, S.M. / Chen, X. / Howell, S. / Rinderle, C.H. / Morel, G. / Silvaroli, J.A. / Wells, C.I. / Bunnell, B.A. / Drewry, D.H. / Pabla, N.S. / Ultanir, S.K. / Bullock, A.N. / Axtman, A.D.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0396
ポリマ－38,3901
非ポリマー6485
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.093, 58.093, 104.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase-like 2 / Protein kinase p56 KKIAMRE / Serine/threonine-protein kinase KKIAMRE


分子量: 38390.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKL2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92772, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1H5G / ~{N}-[6-[3-[(2-methylpropylsulfonylamino)methyl]phenyl]-1~{H}-indazol-3-yl]cyclopropanecarboxamide


分子量: 426.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.09M Sodium fluoride, 0.09M Sodium bromide, 0.09M Sodium iodide; 0.1M Tris, 0.1M BICINE, pH8.5; 33% v/v Ethylene glycol; 16 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→52.13 Å / Num. obs: 41802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 40.93 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 2106 / CC1/2: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2.multiplexデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→50.31 Å / SU ML: 0.225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.1495
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 2003 4.8 %
Rwork0.2046 39691 -
obs0.2055 41694 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→50.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 43 119 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82823455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9612340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.760.36421720.38642808X-RAY DIFFRACTION98.81
1.76-1.810.33141300.32532852X-RAY DIFFRACTION99.77
1.81-1.860.307950.27372858X-RAY DIFFRACTION99.73
1.86-1.920.25661360.26542821X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.990.29871350.2692874X-RAY DIFFRACTION99.93
1.99-2.070.27791450.25062839X-RAY DIFFRACTION99.83
2.07-2.170.24441700.21562799X-RAY DIFFRACTION99.97
2.17-2.280.25241540.262813X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.430.27931200.25212873X-RAY DIFFRACTION99.97
2.43-2.610.26491380.24112826X-RAY DIFFRACTION99.93
2.61-2.880.26311720.24622820X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.290.25091540.232822X-RAY DIFFRACTION100
3.29-4.150.19011380.17642870X-RAY DIFFRACTION100
4.15-50.310.1751440.1572816X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.2928873674 Å / Origin y: 20.4458542699 Å / Origin z: -16.4345448857 Å
111213212223313233
T0.29799928501 Å2-0.00950000332594 Å2-0.012964482299 Å2-0.306282207612 Å20.0278454097381 Å2--0.347235445663 Å2
L1.64779679705 °2-0.184572200763 °20.0498672463746 °2-0.133945193912 °20.182319757949 °2--1.68493774617 °2
S0.0658446759721 Å °-0.149595644614 Å °-0.0470431501057 Å °-0.0293893243534 Å °-0.0224118339322 Å °0.0222129034173 Å °0.127249744234 Å °-0.126660894763 Å °-0.000617950797814 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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